Маршрут А. П. Рытина пролегал по местам, соседствующим с Жёлтыми Водами, название которых дано по характерному оттенку воды, обусловленному большим количеством солей и других соединений урана. Рытин упоминает жёлтые изразцы на одном из постоялых дворов, цвет которых получали при использовании этих примесей, а также белую глину, которую добывали в тех же областях и использовали для штукатурных работ.
Известно, что уран испускает так называемые лучи Беккереля, в работах Кюри и Резерфорда исследуются три типа корпускул. Предполагают, хотя и не доказано вполне, что означенные невидимые лучи могут представлять опасность для организма человека, вплоть до летального исхода, особенно при попадании внутрь через дыхательные пути или по пищевому тракту. Во всяком случае, является неоспоримым факт ядовитости некоторых урановых солей. Можно предположить, что камни в Арачинских болотах также содержали вкрапления опасных минералов, что делало долгое нахождение там людей и животных опасным. Минерал с письменами, описанный Рытиным (уничтоженный им артефакт), мог иметь то же происхождение, и допустимо предполагать, что концентрация вредных элементов в нём серьёзно превышала некую среднюю величину. Маловероятно, что смерть уже достаточно пожилого И. П. Бларамберга, а также И. А. Стемпковского и П. Дебрюкса была вызвана влиянием минерала (а тем более шифра на нём) хотя он мог способствовать ухудшению состояния их здоровья. Рытин приписал вполне естественные причины ухода из жизни трёх археологов влиянию сообщения, содержавшегося на камне, между тем как никаких оснований считать так нет, единственный из трёх случай, когда были зафиксированы необычные симптомы – смерть П. Дебрюкса, но подробные изыскания показывают, что на посту начальника таможни он посещал по долгу службы карантинные посты и гавань, где заразился чумой, занесённой из Константинополя и протекавшей в форме, принятой Рытиным за таинственную болезнь.
Вероятно, свечение вод, описанное Рытиным, также обусловлено флюоресцирующими минералами, наподобие плавикового шпата, выходы которых на поверхность могли обнажиться в результате очистки дна и действия волны. Известно, что минералы могут излучать свет различного спектра, как под влиянием лучей различной природы, так и при химических реакциях. Изменение температуры или состава воды также могло стать причиной испускания лучей.