Комиссия пришла к выводу о необходимости увеличения в первую очередь количества пехотных частей «по отношению к силам соседственных держав». С 1802 по 1805 г. было сформировано двенадцать новых мушкетерских, три егерских, шесть драгунских, два уланских, один гусарский полк, а также один пионерный и один понтонно-артиллерийский полки. В 1801 г. расформированию подверглись девять артиллерийских полков, в 1803 г. они были вновь возрождены, а в 1806 г. снова расформированы. 30 апреля 1802 г. были введены новые штаты, согласно которым гренадерские полки состояли из одного гренадерского и двух фузелерных батальонов, мушкетерские – из одного гренадерского и двух мушкетерских, егерские – из трех егерских батальонов (4-х ротного состава). В лейб-гренадерском полку все три батальона оставались гренадерскими. Примерно на 25% была увеличена численность инженерных подразделений. Обращает на себя внимание тот факт, что были усилены егерские части (за счет увеличения численности личного состава в полках) и приоритет стал отдаваться легкой кавалерии – гусарам и уланам, эффективно используемым для разведки, боевого охранения и действий в отрыве от главных сил. Увеличение драгунских полков (кавалерия общего назначения – «ездящая пехота») было достигнуто по рекомендациям комиссии за счет уменьшения числа элитных ударных подразделений (кирасир). Недостаток численности регулярной кавалерии по отношению к пехоте, по мнению комиссии, должен был компенсироваться наличием иррегулярной конницы, основу которой составляли казачьи войска, традиционно несшие службу по своим исторически сложившимся «обрядам». Именно тогда было принято принципиальное решение на постепенное сближение правил управления и регламентации несения воинской службы казаками по образцу регулярных войск. Необходимо заметить, что этот процесс и работа военного ведомства России в этом направлении продолжалась до начала ХХ в.
Тут важно отметить другой момент, что одним из факторов будущих поражений стал стратегический просчет, допущенный Комиссией 1801 г. в выводах, ибо она посчитала, что Россия не будет вести три войны одновременно. А в 1805–1809 гг. русские войска сражались на трех театрах военных действий, с 1809 по 1813 г. – воевали на суше с тремя (с 1812 г. – с двумя) противниками, не считая «бездымной» войны с Англией. В результате неправильной стратегической оценки ситуации вооруженные силы России перестраивались на ходу, воюя в 1805 г. с Персией, Турцией и Францией (в 1808–1809 гг. ее заменила Швеция).
Преобразования не затронули полевую организацию и боевую подготовку войск, которые по-прежнему руководствовались павловскими уставами. В мирное время полки распределялись, как и при Павле I, по 14 инспекциям (военно-территориальным округам, подчинявшимся трем инспекторам по родам оружия: по пехоте, кавалерии, артиллерии). Большая часть войск была сосредоточена на границах. Лишь в случае войны на основе инспекций предполагалось создание полевых армий (разделенных на бригады, колонны и корпуса непостоянного состава) произвольным механическим соединением частей различных родов войск. Заметим, что до 1805 г. в русской армии высшим тактическим соединением фактически по-прежнему оставался полк. Таким образом, даже теоретически, построенные на сплошной импровизации высшие тактические соединения, не имевшие четкой структуры, строгой подчиненности и быстрой взаимозаменяемости, имели массу недостатков, явственно обозначившихся уже в военное время.