В эти тревожные месяцы отец Иоанн часто вспоминал благоверного князя Александра Невского с его знаменитым «Не в силе Бог, а в правде», победившего, казалось, непобедимых шведов. На Бога и святых Его и Заступницу Усердную Богоматерь прежде всего надеялся искуснейший Невский военачальник. Но потомки святого князя уже не полагались на Бога, а лишь на свою военную силу. Сильно скорбел неустанный молитвенник Кронштадтский, что Порт-Артур так и не увидел на своих стенах посланный его защитникам образ Царицы Небесной «На двух мечах».
Икона была написана в Киеве на пожертвования верующих в «благословение и знамение торжества христолюбивому воинству Дальней России» и весной 1904 года доставлена в Петербург. Одному из монахов было видение, в котором Богородица повелела доставить икону в Порт-Артур, пообещав в этом случае победу русской армии. Вопреки ясно высказанной воле Божией Матери, в Порт-Артур доставляли копии иконы, боясь подвергнуть опасности образ, который находился во Владивостоке. Наконец в Петербурге объявился доброволец, вызвавшийся доставить икону в Порт-Артур, — ветеран русско-турецкой войны 1877–1878 годов ротмистр П. И. Федоров. Но он не смог добраться до Порт-Артура. В конце концов икона попала к генералу Куропаткину. «Вождь нашего воинства А. Н. Куропаткин, — писал отец Иоанн Кронштадтский, — оставил все поднесенные ему иконы в плену у японцев-язычников, между тем как мирские вещи захватил все. Каково отношение к вере и святыне церковной! За то Господь не благословляет оружия нашего и враги побеждают нас. За то мы стали в посмеяние всем врагам нашим!»
Тщетны во многом были пламенные проповеди отца Иоанна. Неудачная русско-японская война стала толчком к первой русской революции.
17 апреля 1905 года был издан Высочайший Манифест о веротерпимости, а 17 октября — Манифест о гражданской свободе. К несчастью, русские люди уже настолько жили по своим прихотям, что многие превратно поняли благодеяния, даруемые этими манифестами, думая, что дан сигнал к небывалой вседозволенности. Отец Иоанн конечно же не замедлил и высказаться, к чему ведет подобный образ мыслей, во многом смягчая свои пророчества жалостью и любовью к людям, которые не сознают своего отпадения от Божественных заповедей.
«Ни одна страна в мире никогда в таких широких размерах не испытывала такого огульного, всеобщего вреда от безвластия и неповиновения властям, не несла таких материальных, политических и нравственных убытков и застоя в торговле, промышленности и образовании, как Россия… Когда вследствие общего неповиновения властям и бездействия подчиненных членов общества, и при этом бездействии властей деятельность прекращается, словно в органическом теле прекращается кровообращение, — тогда все в обществе замирает, падает, разрушается, общественная безопасность исчезает и члены общества идут одни против других, дозволяются полный разгул воровства, хищений, вражды, убийства. Так было на днях в России, когда всюду перестали работать учебные заведения, мастерские с рабочими, железные дороги, почты, телеграфы… Подлинно Россия пришла в состояние хаоса».
В первую русскую революцию открыто заговорили о перемене образа правления государством и об отмене самодержавия. Батюшка считал: без самодержавия нет Святой Руси. И в 1905 году он говорил: «Если не будет покаяния у русского народа, конец мира близок. Бог отнимет у него благочестивого царя и пошлет бич в лице нечестивых, жестоких, самозваных правителей, которые зальют всю землю кровью и слезами». Но к тому времени партий было уже множество, их многочисленные вожди рвались к власти не ради блага народа, а ради власти как таковой.