Бонне-Томас, толком не успев поблагодарить губернатора, мгновенно покинул бухту, устремившись… в неизвестном направлении. Впрочем, не известном только губернатору Северной Каролины. Сам-то Бонне прекрасно знал, куда направляется: он собирался отомстить Черной Бороде! Тот должен был поступить по справедливости и вернуть ему всю добычу! В противном же случае Бонне был готов затеять смертельную схватку и биться до конца. Однако, несмотря на то что Бонне буквально не жалел парусов, догнать эскадру Эдварда «Черной Бороды» Тича он не сумел…
Не увенчавшаяся триумфом погоня, тем не менее, отнюдь не повлияла на желание Бонне вести жизнь пирата. Забыв о Черной Бороде, Бонне отправился на «Ройял Джеймсе» сначала к берегам Виргинии, а потом к заливу Делавэр. Намереваясь как можно быстрее восполнить потери, Бонне не брезговал никакой добычей, грабя всех подряд. Трюмы «Ройял Джеймса» стремительно наполнялись золотом, серебром и прочими ценностями.
Между тем лето подходило к концу. На исходе августа Бонне отплыл с мыса Фиер-Ривер (Северная Каролина), где понадобилось сделать стоянку, поскольку «Ройял Джеймс» эксплуатировался с такой интенсивностью, что уже явно нуждался в безотлагательном ремонте. Освеженный корабль Бонне продолжил нападать на торговые суда. Происходило это уже у побережья Южной Каролины, и вести о бесчинствах пиратов быстро достигли Чарлстона. Губернатор Роберт Джонсон был просто вне себя и поручил полковнику Уильяму Ретту, который считался отличным специалистом по пиратам, схватить Бонне. Это был тот самый Уильям Ретт, который, в частности, участвовал в преследовании известного пирата Чарльза Вейна. С Вейном полковника Ретта постигла досадная и позорная неудача, и теперь он горел желанием реабилитировать свое имя.
В ведении Ретта находились два неплохо вооруженных шлюпа с опытной командой. Ретт в течение месяца пытался поймать Стида Бонне, но настиг лишь 8 октября 1718 года. Бонне, судя по всему, никак не ожидал нападения, причем с численным перевесом. Однако он принял сражение. Бой с переменным успехом продолжался около пяти часов, однако финал его, увы, сложился не в пользу «Ройял Джеймса». Несмотря на то что Бонне потерял всего лишь 9 человек из команды, в результате орудийного обстрела с двух сторон жизненно важные узлы его судна были повреждены, и дальнейшее сопротивление не имело смысла. Бонне сдался, был взят под арест и доставлен в Чарлстон. Он попал в одну камеру с Дэвидом Хэрриотом, штурманом, и Игнатиусом Пеллем, боцманом. Бонне и Хэрриот были несгибаемы; давать признательные показания их нипочем не смогли бы заставить. А вот с боцманом дело обстояло иначе. Он вдруг очень забоялся смерти, а потому сломался, решив признаться во всем. Он сдал практически всех пиратов, ну и, конечно же, самого капитана Стида Бонне. После его показаний их всех ждала смерть, и Пелль это прекрасно знал. То что их насильственная кончина неминуема, стало теперь ясно и Бонне с Хэрриотом. При аресте их не слишком внимательно обыскивали, поэтому у Бонне еще имелось при себе золото. Этим золотом ему удалось 24 октября подкупить стражу, позволившую им бежать в ночи. Пираты благополучно добрались до берега, схватили первую попавшуюся лодку и вышли в море, надеясь укрыться на острове Салливана.
Ретт был начеку, а потому почти сразу же узнал о побеге. Была немедленно организована погоня, и беглецов настигли. В завязавшейся перестрелке Хэрриот был убит. Бонне, преодолев его ожесточенное сопротивление, вновь посадили под стражу. Судебная машина была уже запущена, и 10 ноября состоялось оглашение приговора. Стида Бонне и 29 членов его команды за пиратскую деятельность приговорили к казни через повешение. По иронии судьбы, вынося приговор Стиду Бонне, судья Николас Трот особо заклеймил его за то, что тот, получив, в отличие от своих товарищей по оружию, прекрасное образование, приличествующее человеку его круга, дерзко преступил все законы общества, давшего ему практически все: богатство, положение в свете и проч. По мнению судьи, если простые полуграмотные пираты еще могли бы претендовать на прощение, в силу своей непросвещенности и отсутствия воспитания, то их капитан уж точно не имел права на милосердие суда. Бонне все-таки решил использовать свой последний шанс и отправил губернатору Роберту Джонсону прошение о помиловании. Тот категорически отказал, окончательно утвердив приговор суда. Теперь надеяться было не на что. Казнь Стида Бонне и его людей была приведена в исполнение 10 декабря 1718 года. Из всего экипажа «Ройял Джеймса» уцелело лишь четверо: это был уже упоминавшийся Игнатиус Пелль, первым начавший сдавать властям своих товарищей, и еще трое пиратов, которые предпочли жизнь верности пиратскому уставу.
Память о Стиде Бонне пережила время. В Чарлстоне даже установлена мемориальная доска, посвященная памяти двух пиратов – самого Стида Бонне, а также Ричарда Уорли. На ней выгравирована надпись: