Неудивительно, что сам Морозов женился на сестре царицы, породнившись, таким образом, со своим царственным воспитанником. Однако это не спасло Морозова от краха. Теперь становится понятным, почему царь был милостивым к Борису Ивановичу. Неудачная попытка увеличить доходы казны путем высоких пошлин на соль привела к Соляному бунту 1648 г., в ходе которого восставшие потребовали казни Морозова. Царь спас своего родственника, удалив его из Москвы в Кирилло-Белозерский монастырь. После возвращения в столицу тот продолжал пользоваться расположением Алексея Михайловича, но уже не играл прежней роли в управлении. Первым царским советчиком и даже «вторым великим государем» стал «собинный друг» царя — Новоспасский архимандрит Никон — в скором будущем — митрополит Новгородский (с 1650 г.) и патриарх всея Руси (с 1652 г.).
Бунт 1648 г. и продолжающиеся волнения имели два важных следствия. В 1649 г. быдо принято Соборное Уложение, которое укрепило положение Романовых, создавшееся после Смуты, и значительно усовершенствовало русское законодательство. По мнению правительства, издание Уложения должно было внести порядок и закономерность в управление и смягчить народное недовольство. Вторым следствием Соляного бунта стала большая самостоятельность царя: он приобрел собственный взгляд на вещи.
Еще большее влияние на становление его личности оказала война с Польшей за Украину в 1654— 1656 гг. Царь сам выступил в поход с войсками, побывав в Литве и Ливонии. Именно в ходе войны проявились положительные качества царя — он показал себя как зрелый политик и гуманный человек.
Царь вел заметки об этой войне. В них сквозит Примечательная черта — забота о ратниках. Он понимал, что вовсе без жертв обойтись нельзя, но предлагал воеводам вести дело с наименьшими потерями и готов был простить многое, но не лишние жертвы. В письмах царя имеются следующие строки: «Людей наших всяких чинов 51 человек убит, да ранено 35 человек; и то благодарю Бога, что от трех тысяч столько побито, а то все целы, потому что побежали, а сами плачут, что так грех учинился... Радуйся, что люди, целы». Нужно иметь особый склад души — радоваться бегству своих воинов, тем спасшихся. Когда иностранный офицер на русской службе предложил ввести смертную казнь за бегство с поля боя, царь с негодованием отказался от такого шага на том основании, что Бог не всем даровал одинаковую храбрость, и карать за это было бы жестоко.
В завоеванных городах Алексей Михайлович не спешил устанавливать свой суд, уважая местные традиции, и, в частности, удовлетворил челобитную жителей Могилева, желавших жить по магдебургскому праву, носить прежнюю одежду, не ходить на войну и проч. Во второй раз он приехал в Смоленск, чтобы прекратить мародерство и погромы.
Война с Польшей длилась до октября 1656 г., когда Россия, опасаясь чрезмерного усиления шведов, занявших Познань, Варшаву и Краков, заключила перемирие с поляками, начав военные действия против Карла X. В отличие от польской кампании, которая вернула России потерянный в Смуте Смоленск и позволила взять Полоцк и Вильну, русско-шведская война кончилась невыгодным миром в Кардисе в 1661 г., по которому царь уступил все ранее завоеван-рые местности. Эти невыгодные условия были связаны со смутами в присоединившейся к России Малороссии и новой войной с Польшей. После ощутимых поражений в 1659 г. под Конотопом и под Чудновом, России благодаря успешным действиям гетмана Брюховецкого и князя Рамодановского удалось, однако, «зять реванш. Внутренние беспорядки в Польше способствовали этому. В январе 1667 г. в деревне Андру-сово воюющие стороны заключили перемирие на 13 лет. По этому договору Россия получила Смоленск, Северскую землю, левую сторону Днепра и Киев на Два года. В период войны царь лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, Вильне, познакомился с западными обычаями. Вернувшись в Москву, он начал вносить изменения в придворную обстановку. Во дворце появились обои (золотые кожи) К мебель немецкого и польского образца.
В 50—60 гг. происходят и важные изменения во внутренней жизни страны — реформа Церкви, вдохновителем которой был сам царь, а проводил ее на первых порах царский любимец патриарх Никон. В 1658 г. царь, ставший гораздо более самостоятельным и независимым, разошелся во взглядах с патриархом, который, оскорбленный государем, самовольно удалился из Москвы в подмосковный Воскресенский Новоиерусалимский монастырь. До 1666 г. церковь фактически оставалась без патриарха, что сильно мучило благочестивого царя. Затем Церковный собор с участием восточных иерархов лишил Никона сана и приговори^ к ссылке в Кирилло-Белозерский монастырь простым чернецом. Церковными делами стал заниматься сам государь.
Испытания, выпавшие на период царствования Алексея Михайловича: Медный бунт, восстание 1667 г., движение Стеньки Разина 1670 г., не изменили характер царя, не ожесточили его. Пожалуй, очень точно описал характер царя С. Ф. Платонов в очерке «Царь Алексей Михайлович».