Так, например, первая глава «Уложения» содержит правовые нормы «о богохульниках и церковных мятежниках» — самом страшном преступлении, по мнению законодателей XVII в., ибо оно рассматривается даже раньше чем покушение на «государьскую честь» и «государьское здоровье». За хулу на Бога и Божию Матерь, честный крест или святых угодников согласно 1-й статье I главы «Уложения» виновного, независимо, русский ли он или иноверец, ждало сожжение на костре. Смерть грозила и всякому «бес-чиннику», воспрепятствовавшему служению литургии. За всякие проводимые в храме бесчинства и беспорядки, к которым относилась и подача челобитий царю и патриарху во время богослужения, полагались также суровые наказания, от торговой казни, (за «непристойные речи» во время совершения литургии) до тюремного заключения (подача челобитий, оскорбление кого-либо словом при богослужении). Но первой главой с ее девятью статьями узаконения по церковным вопросам не исчерпываются, они рассыпаны по всему тексту «Уложения». И в дальнейших главах мы находим постановления о присяге для людей духовного и мирного чина, о совращении православных в басурманство, об ограничении прав иноверцев, о самозваных попах и монахах, о браке, об охране церковных имущесгв, о чести духовных лиц, почитании праздников и т. д. Все эти меры призваны были защищать честь и достоинство церкви. Но содержались в «Уложении» и пункты, вызвавшие сильное недовольство церковной иерархии. Согласно XI—II главе учреждался особый монастырский приказ, на который возлагался суд в отношении духовенства и зависимых от него людей (патриарших и монастырских крестьян, слуг, церковный причт и т. п.). До этого суд по недуховным делам в отношении духовенства осуществлялся в Приказе Большого дворца. Духовные вотчинники здесь, минуя общегосударственные учреждения, подлежали суду самого царя. Теперь же духовенство лишалось судебных привилегий, причем сделано это было по челобитным выборных людей. По этим же челобитным подвергалось существенному ограничению и церковное землевладение. Принадлежавшие церковным властям слободы и вотчины были взяты «за государя в тягло и в службы бездетно и бесповоротно».
Далее, всем духовным лицам и учреждениям категорически запрещалось каким бы то ни было способом приобретать вотчины и мирским людям отдавать вотчины в монастыри (гл. XVII, ст. 42). С точки зрения государства это способствовало дальнейшей централизации и укреплению самодержавной власти. Но положения нового кодекса вызвали сопротивление духовенства и ожесточенную критику с его стороны. Ведь «Уложение» лишало высшее духовенство, за исключением патриарха, судебных привилегий. В ведение Монастырского приказа передавались все церковные и монастырские земли.
Недовольный «Уложением» патриарх Никон называл его не иначе как -«беззаконной книгой», а первого главу Монастырского приказа, князя В. И. Одоевского, ц,новым Лютером». В итоге напряженной борьбы духовная власть одолела светскую: сначала, уже после удаления Никона от дел, в 1667 г. был отменен светский суд в отношении духовенства, а в 1677 г. упразднили и Монастырский приказ.