Самой острой проблемой в отношениях между западными союзниками и СССР в начале лета 1945 г. продолжала оставаться Польша. Еще до вступления на собственно польскую территорию, т. е. в Западной Белоруссии и Литве, Красная Армия столкнулась с известным вооруженным сопротивлением и диверсионными актами со стороны «лондонского» польского подполья Армии Крайовой, а с вступлением Красной Армии в Польшу положение ухудшилось.
Советская сторона утверждала, что поляки убили несколько сот солдат и офицеров. Армия Крайова была изобличена в совершении многих террористических актов против советских представителей и в саботаже вербовки поляков в Польскую армию, сражавшуюся бок о бок с Красной Армией. В Польше также велась усиленная антисоветская пропаганда, проводившаяся как «лондонским» подпольем, так и церковью.
В январе 1945 г. по указаниям из Лондона Армия Крайова официально самораспустилась, но была заменена тайной организацией НИЕ (от слова — «ние-подлеглосць» — независимость), которую возглавил генерал Окулицкий. (После поражения Варшавского восстания Окулицкий был назначен командующим Армией Крайовой вместо генерала Бур-Комаровского). Новое подполье, унаследовавшее военное снаряжение и радиопередатчики Армии Крайовой, продолжало свою деятельность и после освобождения Красной Армией всей Польши. Поэтому в марте Советское правительство приняло решительные меры против антисоветских элементов в польском движении Сопротивления. Окулицкий и ряд других поляков, в том числе три члена «польского подпольного правительства» (Ян Янковский, Адам Бен и Станислав Ясюкович) и председатель «подпольного парламента» Пужак, были арестованы и увезены в Москву.
28 апреля Черчилль обратился к Сталину с посланием, в котором с тревогой спрашивал относительно «пятнадцати поляков», которые, по слухам, были «депортированы». 4 мая Сталин ответил, что он не намерен умалчивать об этих шестнадцати ( а не пятнадцати) поляках. Все они или некоторые, в зависимости от результатов следствия, будут преданы суду.
«(Они) обвиняются в подготовке и совершении диверсионных актов в тылу Красной Армии, жертвой которых оказались свыше ста бойцов и офицеров Красной Армии, а также обвиняются в содержании нелегальных радиопере даточных станций в тылу наших войск. Все они или часть из них, в зависимости от результатов следствия, будут преданы суду. Так приходится Красной Армии защищать свои части и свой тыл от диверсантов...»
Арест этих поляков и весь польский вопрос был главной темой бесед Сталина и Гопкинса с 26 мая по
6 июня. Эти шесть встреч имели место во время «последней миссии», взятой на себя Гопкинсом по просьбе нового президента Гарри Трумэна. При первой же встрече со Сталиным Гопкинс припомнил, как на обратном пути из Ялты президент Рузвельт «часто отзывался о маршале Сталине с уважением и восхищением», но добавил, что «в последние шесть недель произошли такие глубокие изменения в общественном мнении, что это может неблагоприятно сказаться на отношениях между нашими двумя странами».
«В такой стране, как наша, — сказал Гопкинс, — на общественное мнение влияют конкретные инциденты и что в данном случае ухудшение... вызвано нашей неспособностью провести в жизнь Ялтинское соглашение о Польше».
Он неоднократно возвращался к этому вопросу, заявляя, что в глазах общественности Соединенных Штатов «Польша стала символом нашей способности разрешить проблемы с Советским Союзом». Гопкинс настаивал, чтобы Сталин ускорил формирование «нового» польского правительства, а также освободил находившихся под арестом руководителей польского подполья.
Сталин не хотел уступать в этом вопросе: деятели этого подполья не только совершили тяжкие преступления против Красной Армии, но к тому же представляли... политику «санитарного кордона». Английские консерваторы, говорил Сталин, не хотят, чтобы новая Польша была дружественной Советскому Союзу.
В ответ на уговоры Гопкинса обеспечить в Польше все необходимые демократические свободы, как их понимала Америка, Сталин заявил, что 1) упомянутые Гопкинсом свободы могут быть введены лишь в мирное время, и то с некоторыми ограничениями; и что 2) например, фашистской партии, намеревающейся свергнуть демократическое правительство, нельзя разрешить полностью пользоваться этими свободами.
Тем не менее было достигнуто фактическое соглашение о включении в состав польского правительства Миколайчика и еще нескольких человек.
Суд над польским подпольем начался в Москве в Колонном зале Дома Союзов 18 июня и продолжался три дня.