Таким образом, протестантизм водворился при нем во всех габсбургских владениях, за исключением Тироля, а также в смежных с ним землях: в Венгрии и в Польше. В Австрии протестантская вера была распространена хоть и не так широко, но все же в высших слоях общества и государственного управления было много ее приверженцев. То же было и в Баварии: дворянство и почти все города были на стороне протестантства. Мнение одного венецианского посла, который говорит, что вряд ли десятая часть всего государства еще исповедует свою прежнюю веру, может быть преувеличено, однако достоверно известно, что в то время даже среди католического населения Германии (и даже в духовных владениях на Рейне), образовалась сильная протестантская партия.
После смерти Фердинанда I, в 1564 году, ему наследовал его старший сын Максимилиан II, правивший Австрией, Богемией и Венгрией в качестве государя и их общего повелителя и явивший в своем лице образец личных и царственных добродетелей. Прекрасно образованный, он отличался своей веротерпимостью, потому что первостепенное значение придавал политике и считал, что в ее интересах можно и даже должно поступаться чем бы то ни было. Зато в Риме на него смотрели, как на отщепенца. Но он не обращал внимания на папские грамоты и на легатов, смело разрешал в своих потомственных владениях принятие протестантской веры по правилам Аугсбургского исповедания. Немудрено, что при таких условиях в Германии возникла надежда, что протестантизм окончательно восторжествует.
Тем временем старая Церковь оценила свои средства защиты, и иезуиты принялись за дело. Терпением и настойчивостью добились они того, что их влияние стало быстро возрастать: их училища, школы и коллегии были переполнены. Число их возрастало чуть ли не с каждым днем. Государей-католиков и высших правителей иезуиты убеждали в необходимости способствовать новому антиреформационному движению.
Вслед за своим отцом, Максимилианом II, скончавшимся в 1576 году, на престол вступил старший из его шести сыновей, Рудольф II (1576– 1612 г.). Он воспитывался в Испании, но там не сумели придать его неопределившемуся и незначительному уму надлежащее направление, и потому он не мог достойно поддержать славу своего мудрого и энергичного отца. Не добившиеся желаемого в царствование Максимилиана II, иезуиты имели полный успех при Рудольфе II – государе, хоть и горячем, но нерадивом, несамостоятельном, погруженном в любовные забавы и приключения. Такова была благодатная почва, на которую пало семя иезуитского влияния. Прежде всего, Рудольф отменил постановления своего отца о свободе вероисповеданий, а затем, в 1578 году, католичество было объявлено повсеместно господствующей и обязательной верой.
Еще более утвердили его в этом направлении беспорядки в Вене во время торжественного религиозного праздника. Переломом в деле вероисповеданий для Германии следует считать события, разыгравшиеся в Кёльне, начиная с 1582 года, когда перешел в протестантство курфюрст – архиепископ Гебхардт (из южногерманского дома Трухзессов Вальдбургских). Он сделал это, исходя не из каких-либо религиозных воззрений, а просто ради того, чтобы жениться на некоей графине Агнессе Мансфельдт и в то же время укрепить свою власть. Большинство дворян было за него; но и противная сторона имела своих приверженцев.
Значительная часть городов уже была недоступна для католицизма, например: Магдебург, Бремен, Любек, Верден, Минден, аббатство Кведлинбург. Если так пошло бы и дальше, то скоро их примеру последовали бы и все остальные. Протестанты и католики двинули вперед свои войска. На поле битвы появились также и испанские отряды. Папа отрешил от сана архиепископа Гебхардта, а на его место посадил баварского принца герцога Эрнста, епископа Фрейзингенского. Эрнст тотчас же развернул контрреформационное движение и привел его к удачному завершению За это ему даровано было еще и епископство Мюнстерское, но с каждым годом становилось все труднее и труднее поддерживать церковный мир. Вновь возникли гонения на протестантов. В 1586 году изгнал их из своих владений епископ Вюрцбургский, а в 1588 – архиепископ Зальцбургский. В 1591 году началось преследование «крипто-кальвинистов» в курфюршестве Саксонском, а вслед за тем в Кёльне, как и в Страсбурге, в 1592 году, на спорных выборах в епископы, одержал верх кандидат от католической партии, кардинал Карл Лотарингский.