Весьма важное значение имело для Германии то обстоятельство, что в 1596 и 1597 годах, почти одновременно, один за другим наследовали власть два очень умных и энергичных человека: герцог Фердинанд (внук императора Фердинанда I), от отца своего, эрцгерцога Карла, в Габсбургских землях: Штирии, Каринтии и Крайне, а герцог Максимилиан I – от Вильгельма V, в Баварии. Эрцгерцог, который вместе с герцогом слушал когда-то лекции иезуитов в Ингольштадте, поспешил исполнить то, в чем он клялся, целуя туфлю папы Климента VIII – уничтожил евангелические и лютеранские храмы, выселил их проповедников и отдал приказ всем своим подданным – либо обратиться в католичество, либо оставить его владения.
Такие решительные меры побудили императора Рудольфа II к еще более активным действиям. Но всякие границы терпения перешло то, что случилось в имперском городе Донауверте. В этом городе, населенном исключительно протестантами, аббат по предварительному уговору остановил процессию, впереди которой несли церковные знамена и хоругви. Народ и остальная чернь воспротивились этому (1605 г.). Епископ Аугсбургский при поддержке герцога Максимилиана пожаловался на горожан государственному совету в Вене. В следующем 1606 году, при повторении празднества, произошли те же беспорядки. Все эти провокации были ловко подстроены иезуитами. Город был объявлен в опале и на герцога Максимилиана было возложено ее выполнение. Ему пришлось сначала взять город военной силой и лишь потом уже предъявить свои требования. Сначала они ограничились лишь несколькими церквами для католического богослужения, а потом приказано было и все без исключения храмы уступить католикам. Для большей острастки солдат разрешено было расквартировать по домам мирных обывателей, а потому и не мудрено, что вскоре был достигнут полный успех.
Под впечатлением этих событий была заключена Уния между протестантскими владениями: курфюршествами Пфальцским, Пфальц-Нейбургом, Вюртембергом, Баденом, Гессеном и двумя бранденбургскими маркграфами в Ахаузене (Франконии). Эта Уния, или оборонительный союз, была заключена в мае 1608 года с целью поддержать государственное устройство. Поводом к тому послужил рейхстаг в Регенсбурге, на котором эрцгерцог Фердинанд замещал императора и показал, чего можно было ожидать в эти междоусобные времена. Но и со стороны католиков не было недостатка в решимости, да к тому же и руководящего начала здесь было больше, чем в стане последователей евангелического учения. В июле 1609 года Максимилиан Баварский заключил союз с семью духовными владыками: епископами Вюрцбургским, Констанцским, Аугсбургским, Пассауским, Регенсбургским, аббатом Кемптенским и пробстом Еллвангенским, к которым присоединились еще и три духовных курфюрста. Цель этой Лиги была та же, что и предыдущей – охранять государственный строй, но последняя была настолько сильнее первой, что могла вести не только оборонительные, но и наступательные действия. На средства этого союза герцог Максимилиан снарядил целое войско, стал во главе его и симпатии всех католиков – испанцев, папы и эрцгерцога Фердинанда – оказались на его стороне. В стане протестантов, наоборот, не было выдающихся личностей и мощных владений, каковыми были лютеранские государства Саксония и Бранденбург.
В том же 1609 году, в марте месяце, скончался, не оставив после себя потомства, последний из герцогов Клэве, Юлих и Берг– граф Маркский и Равенсбергский. Из многочисленных наследников этих прекрасных земель – весьма важных по своему положению на Рейне и по близости своей к Нидерландам – наибольшие права оказались на стороне пфальцграфа Нейбургского и курфюрста Бранденбургского. В то время это было вопросом первейшей важности для всей Германии, так как он был связан с будущностью главной ее части, Бранденбургских владений.
Эти владения перешли во власть протестантов при Иоахиме II, которому наследовал его сын, Иоанн Георг, с 1571 по 1598 год. Это был человек ограниченного ума и такого же ограниченного политического значения. Ревностный протестант, довольный уже тем, что лютеранское учение прямо противопоставлялось кальвинистскому. Он был верен политике Гогенцоллернов и держался поближе к «достославному австрийскому дому». Никакие предупреждения или уговоры не могли подорвать его веру в него. Безо всякого вмешательства с его стороны рассеялись грозные тучи, нависшие в 80-х годах над его владениями и надо всем протестантским миром. Бранденбургские земли благоденствовали и даже в будущем им предстояли самые заманчивые приобретения: присоединение франконских земель, Силезского Иегерндорфа, Прусского герцогства и вышеупомянутое наследство на Нижнем Рейне. Слабохарактерный Иоанн Георг, который дал слишком большую волю дворянству, оставил завещание, по которому все его владения должны были раздробиться по рукам его многочисленного потомства от трех браков. На это решение последовало полное согласие императора.