Испанские доминиканцы раздражались, видя себя отодвинутыми на второй план. Парижский университет неблагоприятно отозвался о новом ордене в своем отчете за 1554 год. Но орден быстро преуспевал, благодаря своей изумительной организации. В Италии иезуиты почти совсем вытеснили светских наставников юношества, благодаря лучшей методике преподавания, обоснованной более педагогично в известном смысле. Причем преподавание в учебных заведениях было бесплатным, но приносило им огромную прибыль в виде того, что привлекало в орден людей с выдающимися способностями. Ко времени Игнатия (1556 г.) орден насчитывал уже тринадцать отделений: три в Италии, один во Франции, два в Германии, семь на Пиренейском полуострове и в его колониях. Иезуитов было не мало и за морями: в Бразилии находилось двадцать восемь членов ордена, на Востоке, в Азии, от Гоа до Японии, работало их около сотни.
Семью годами позднее закончил свое дело и собор, в котором принимали значительное участие и иезуиты при посредстве своего второго генерала, Лайнеца. Этот собор положил прочную основу новому направлению, то есть папскому абсолютизму, опираясь на изречение Христа, обращенное к Петру: «Паси овцы Моя», и на естественную бесправность овец перед пастырем.
Как мы уже видели, собор конца 1545 года, следуя за колебаниями политики, доказал на своих восьми заседаниях, что о действительной церковной реформе не было и речи, что от терновника нельзя ожидать смокв, и был перенесен в Болонью в 1547 году, при усилившейся вражде между императором и папой. Одному из пап, Павлу III, удалось заключить перемирие, весьма желанное при продолжавшихся совещаниях собора.
В мае 1551 года, при Юлии III, они возобновились, но уже в Триенте, с участием опасных пришельцев, немецких богословов-протестантов. Однако нашествие курфюрста Морица, наводившего страх одним своим приближением, разогнало собор, к удовольствию папы, и лишь через десять лет, в 1562 году, при Пие IV, он состоялся снова и определил, наконец, на восьми заседаниях (17-25) полный свод догматов и кодификацию новейшего католицизма (4 сентября 1563 г.).
Это было главным итогом, перед которым стушевываются остальные реформы. Учение, начала и уставы католической Церкви выражаются теперь кратко, ясно, определенно, в опровержение учения протестантов, которые предаются отлучению или проклятию под припев: «Anathema sit!» В соборе заседали, под конец, 187 итальянцев, 31 испанец, 2 немца, 29 французов, 1 англичанин. Им и поныне обязана римская Церковь своим кодексом. Голоса подавались поголовно, а не понародно, как в Констанце или Базеле.
Каждый знал теперь, чему должен веровать, и если это новое изложение церковного учения было связано со всеобъемлющей церковной дисциплиной, которой подчинялись все верующие, в особенности же клир, то, с другой стороны, это самое законоучение подавляло всякую свободу, следовательно перекрывало, если не уничтожало совсем, источник всего доброго и возвышенного, всякое стремление к истине и познанию.
Прежде всего была восстановлена инквизиция, это страшное судилище всяких отклонений от того, что было признано как истинное верование. При Павле III была издана соответствующая булла (1542 г.) и исполнение ее было поручено самому ревностному и строгому из кардиналов, Иоанну-Петру Караффе. В ней значилось: быстрое формирование дела при малейшем подозрении, не взирая на личности, снисхождение допустимо лишь при сознании и раскаянии в вине, никакого помилования еретикам, запрещение печатать или продавать книги без разрешения инквизиции. Эти постановления особенно строго применялись в Италии, находя активную опору во взаимной враждебности партий и сообществ, которые были рады вредить друг другу, и самым распространенным средством были доносы инквизиции.
Новый создатель ее, основатель театинского ордена, кардинал Караффа, был избран в папы несколько месяцев спустя после заключения религиозного мира. Он принял имя Павла IV (1555-1559 гг.). Это был уже 80-летний старец, но в глазах которого блистал еще юношеский огонь.
Его отношение к тому, что он называл церковной реформой, было похоже на болезненную страсть. Павел IV гордился тем, что не пропустил ни одного дня, не сделав какого-либо распоряжения на пользу восстановления Церкви. Особенно заботился он об инквизиции, предоставив ей право применять пытку для допроса лиц, причастных к делам тех, которые обвинялись в ереси.