Повстанцы, окрыленные успехом, попытались осадить персов в мемфисской крепости, но потерпели неудачу и были оттеснены в западную часть Дельты, где продолжали упорно держаться. Сначала восстанием руководил Инар, которого затем сменил Амиртей. В конце концов, в середине V века, когда во главе повстанцев стояли уже сыновья Инара и Амиргея, персам пришлось признать их права на полусамостоятельные владения в Нижнем Египте. Именно в Нижнем Египте была расселена основная часть египетских воинов. Верхний Египет, где их было сравнительно мало, оставался покорным персам.
К середине V века до нашей эры Ахемениды вынуждены были признать свое поражение в войне с греками. По заключенному в 449 году до нашей эры Каллиеву миру персы фактически потеряли побережье Эгейского моря. Поражение в войне с греками усложнило внутреннее положение в государстве.
Почти одновременно с прекращением боевых действий в зоне Эгейского моря в Египте предпринял попытку отделиться Багабухша. Это обстоятельство явилось серьезным симптомом упадка монархии Ахеменидов. Со времени Дария междоусобицы обыкновенно происходили только после смерти царя, а вооруженные столкновения между отдельными сатрапами были просто невозможны.
Теперь же против царя восстал представитель одного из знатнейших персидских родов, потомок ближайшего сподвижника Дария. Спустя некоторое время восстание было подавлено. Багабухша погиб, а его сын, имя которого дошло до нас только в греческой форме — Зопир, — бежал к грекам. Рассказы этого Зопира были главным источником сведений Геродота о Персидском царстве.
Но особенно серьезным волнения и внутренние неурядицы начались после смерти Артаксеркса I в 424 году до нашей эры. Два правивших после него царя оказались неугодны знати и были устранены ею в течение одного года. Затем персидская знать посадила на престол Вахуку (по-гречески Ох), который принял имя Дария II.
Дальнейшие внешние и внутренние события царствования Дария II свидетельствуют о далеко зашедшем процессе разложения державы. При дворе плелись бесконечные интриги, в которых центральную роль играла царица Парисатида. В сатрапиях началась целая цепь мятежей, которые нередко возглавляли родственники царя. От империи Ахеменидов отделился сатрап Лидии. В последние годы правления Дария II вновь отпал Египет, где на несколько десятилетий было восстановлено правление фараонов.
Египтяне признавали господство Дария II до 406–405 годов до нашей эры. Спустя год-два после указанного временного рубежа страною уже правил египетский фараон Амиртей. Освобождение Египта от персидского владычества не сопровождалось ломкой внутренних порядков.
Первым фараоном, который процарствовал сколько-нибудь длительное время после изгнания из пределов Египта персидских оккупантов, был Ахорис, правивший в 392–379 годах. Демотическая хроника — написанная «демотикой», особой формой египетского письма, возникшего около 700 года до нашей эры, — содержащая прорицания с их толкованиями, которая относится уже ко времени после завоевания Египта Александром Македонским, называет Ахориса благодетелем храмов.
Предшествующих недолговечных фараонов «после мидян» эта хроника, как правило, обвиняет в дурных деяниях, за что они были наказаны лишением престола. Таким образом, господствующая жреческая тать, составлявшая одно целое с гражданской знатью, свергала и ставила фараонов по своему усмотрению.
В период правления Ахориса с помощью афинского полководца Хабрия были осуществлены большие работы по укреплению северо-восточной границы. Ахорис состоял в союзе с греческой колонией Киреной, с Баркой в Северной Африке, писидийцами в Малой Азии и островом Кипр. Кипр фараон деятельно поддерживал в его борьбе с персами. Активно влиял также Ахорис на Финикию и на города палестинского побережья. Войну 385–382 годов — первое крупное столкновение с персами — Египет выдержал успешно.
С фараона Нектанеба I (по-египетски Нехтнебеф), правившего в 379–361 годах, началась новая, тридцатая по счету египетского историка Манефона, правящая династия Египта. Время царствования Нектанеба знаменует и последний подъем могущества Позднего царства.
Новое персидское нашествие в 374 году до нашей эры потерпело сокрушительное поражение. Причиной тому были не только нерешительность персидского мое начальника и происшедший в это время разлив Нила, но также и упорная оборона пограничной крепости Пелусия.
Нектанеб I всемерно угождал могущественному египетскому жречеству. На первом же году своего царствования он отдал храму Нейт в Саисе десятину с золота, серебра и всего прочего, ввозимого из стран «греческого моря» и производимого в Навкратисе. И посвященной этому дарению надписи фараон изображался не только заботящимся о строительстве и снабжении храмов, но и спрашивающим у жрецов сонета во всяком храмовом деле и поступающим по их слову.