Изначально китайцы называли уйгуров этнонимом гаогюй, мотивируя это тем, что они кочевали на телегах с высокими колесами. С V в. в китайских источниках появляется другой термин — огузы (токуз-огузы). Основной отраслью хозяйства уйгуров являлось скотоводство. Скорее всего, они разводили типичный для номадов этого региона набор животных: лошадей, крупный рогатый скот, овец, коз и верблюдов. При этом большую часть домашних животных составляли овцы.
На рубеже V–VI вв. гаогюйцы под предводительством отважного предводителя Афучжило успешно противостояли жужаням. Во времена господства тюркских каганатов уйгуры входили в состав их «правого крыла». Они неоднократно восставали против них, а в период между двумя тюркскими каганатами даже создали свою конфедерацию под предводительством Тумиду, однако после возрождения Второго Тюркского каганата снова были вынуждены подчиниться. В 744–745 гг. уйгурские вожди подняли свои племена против тюрок. Их поддержали карлуки и басымылы. После победы над тюрками был создан Уйгурский каганат. Каганом провозгласили Кутлуг Бильге кюль-кагана из знатнейшего рода Яглакар, но уже через несколько лет он умер. Каганом стал в 747 г. его сын Эльетмиш Бильге-каган (кит. Моянь-чжо или Моянчур). Именно при нем уйгурская держава окрепла и объединила все монгольские степи.
В отличие от тюркских каганатов уйгуры почти не совершали набегов на Китай. Им достаточно было лишь продемонстрировать силу своего оружия. Номады не только вымогали ежегодные богатые «подарки», но и выпрашивали дополнительные дары по каждому удобному поводу (поминки, коронация и т. д.). Китайцы были вынуждены открывать приграничные рынки, где номады имели возможность обменивать свой скот на китайские сельскохозяйственные и ремесленные товары. Уйгуры хитрили и поставляли старых и слабых лошадей, но цену запрашивали за них чрезмерную. Такая торговля приносила китайцам большие убытки. Фактически эта торговля, как и подарки, являлась скрытой формой платы степнякам за мир на границе. Только в 778 г. китайский император возмутился, так как лошади оказались хуже некуда. Он купил всего шесть тысяч из десяти. Уйгуры сразу совершили разрушительный набег на приграничные провинции Китая, а потом стали ожидать императорского посольства. Делегация приехала очень скоро, и прежняя система взаимоотношений была восстановлена.
Кроме того, китайцы несли обременительные расходы по приему многочисленных уйгурских посольств. Больше всего китайцев раздражали не финансовые затраты, а то, что номады вели себя как завоеватели. Уйгуры устраивали пьяные драки и погромы в городах, буйствовали по дороге домой и воровали китайских женщин и девушек. Во время вспыхнувшего в Китае в 755 г. восстания Ань Лушаня они вызвались помочь Танской династии в борьбе с сепаратистами. Однако участвуя в военных компаниях на территории Китая в 50-70-х годах VIII в., уйгуры нередко забывали о своих союзнических обязательствах и просто грабили мирное население, угоняли его в плен.
Уйгуры создали на основе согдийского письма собственную руническую алфавитную письменность. Они воздвигли в монгольских степях в долине Орхона столицу каганата — громадный по меркам того времени город Карабалгасун, раскинувшийся более чем на 20 км. Существовали в каганате и другие города и укрепленные крепости. Уйгуры приняли манихейство и заимствовали другие элементы культуры среднеазиатских народов.
На рубеже 770–780 гг. в каганате начался династический кризис, обусловленный перепроизводством элиты. В это время резко ухудшились отношения между частью уйгурской знати и согдийскими купцами. В столице каганата было убито много согдийцев. Как следствие резко сократился поток товаров через Карабалгасун. Это привело к потере важного экономического ресурса власти. Потрясения закончились только в 795 г., когда к власти пришел другой клан, поддерживавший манихейство.
С 20-х годов IX в. усиливается противостояние уйгуров и кыргызов. Для защиты от своего соседа уйгуры построили целую линию крепостей на территории Тувы. В военном противостоянии кыргызы одержали несколько побед. Поражения сопровождались ослаблением центральной власти, сменой принципа наследования (от брата к брату). В конфедерации снова стало слишком много потенциальных претендентов на престол. Начались новые конфликты. Все закончилось внезапным набегом кыргызского войска на столицу каганата. Город был сожжен после штурма. Затем остатки уйгурских племен осели около Великой стены и постоянно грабили приграничные китайские территории. В итоге китайцы послали войска для их уничтожения. Другая часть уйгуров мигрировала в Турфанский оазис, где постепенно перешла к оседлому образу жизни.