Упадок надельной системы означал сокращение числа налогоплательщиков. При этом государственные расходы не уменьшились, а напротив имели тенденцию к увеличению. Во второй половине VIII в. налоговая система начинает давать сбои. Центральные власти во всем винили нерадивость и корыстолюбие местных чиновников. «Столичным чиновникам не хватает жалования, они страдают от холода и голода, а у провинциальных чиновников в достатке имеются и одежда, и еда. Поэтому многие чиновники, не ведая стыда, домогаются должностей в провинциях…», — гласило составленное в 775 г. «Продолжение анналов Японии». Провинции становились все более независимыми от центра, а центр все больше нуждался в доходах провинций.
С самого начала построения централизованного государства сосуществовали две системы: система рицурё, т. е. положения, прописанные в законодательных сводах, и прежняя родовая система. Так, например, высокая социальная мобильность, характерная для Китая, в Японии была ограничена системой «теневых рангов». Это означало, что чиновники 1-5-го рангов могли «отбрасывать тень» своего положения на своих сыновей и внуков, и те в зависимости от положения «отбрасывающего тень» могли получить «теневой ранг», который автоматически превращался в настоящий по достижении 21 года. Система теневых рангов существовала и в Китае, но в Японии она применялась шире и позволяла получить более высокий стартовый ранг. В результате центральная бюрократия в основном пополнялась за счет бывшей родоплеменной аристократии.
На уровне местного управления отклонения от конфуцианских принципов, предусмотренных законодательными сводами, были еще более значительными. Если должности в провинциальном аппарате высшего звена управления (управители, помощники управителей и примыкающие к ним инспекторы) замещались столичными чиновниками, то на должности уездных управителей назначались почти исключительно выходцы из местной родовой знати. Должность уездных управителей была пожизненной и имела выраженную тенденцию становиться наследственной.
Несмотря на впечатляющие успехи в создании централизованного государства, эпоха Нара отнюдь не воспринималась потомками в качестве «золотого века», ни один из императоров этого времени не считался образцовым. Одной из причин этого была политическая нестабильность, характерная для эпохи Нара, чрезвычайно богатой заговорами и мятежами. Возникновение политических кризисов было вызвано тремя основными причинами. Во-первых, отсутствовал четкий порядок престолонаследия. В условиях полигамии круг претендентов на престол был широким, окончательный выбор определялся расстановкой сил, в которой помимо императорского рода участвовали наиболее влиятельные роды, вступавшие в коалиции (в предыдущий и последующий периоды на выбор наследника влияло происхождение его матери, которая в большинстве случаев была представительницей наиболее могущественного рода: Сога до реформ Тайка, Фудзивара — в период Хэйан). Во-вторых, реформы VII–VIII вв. изменили соотношение сил внутри правящей элиты, привели к разбалансированию прежних социально-политических механизмов. Наконец, выбор основной идеологической модели управления не получил завершения — представители правящего класса попеременно обращались к буддизму или конфуцианству.
Кардинальные перемены сопровождались активными процессами государственной самоидентификации. Государственная идеология складывалась на многокомпонентной основе, включавшей даосизм, конфуцианство, буддизм (получает распространение с VI–VII вв.) и синтоизм. Соотношение между этими компонентами, в особенности между буддизмом и конфуцианством, на протяжении VIII столетия неоднократно менялось: процесс усвоения пришедших с материка учений, их переработки и творческого преобразования еще не завершился. По сравнению с Китаем в Японии буддизм в качестве элемента государственной идеологии играл гораздо более существенную роль, но в исторической перспективе роль буддизма имела тенденцию к сокращению (что не отменяет значимости буддизма в формировании японской культуры), а роль синтоизма, напротив, — к увеличению. Тем не менее буддизм служил идеологическим обоснованием борьбы новой знати, группировавшейся вокруг императорского престола, против старой аристократии, возводившей свое происхождение к различным божествам синтоистского пантеона.
Божество-прародительница правящего рода богиня Солнца Аматэрасу прочно утвердилось в качестве верховного божества; как уже сказано, при императорском дворе была создана Палата небесных и земных божеств, жрецы которой отвечали за проведение обрядов в масштабах всей страны. К началу X в. в стране насчитывалось 2861 святилище (в них почиталось 3132 божества), включенное в систему общегосударственных обрядов — в основном призванных обеспечить плодородие, а также очистительных.