Тем временем олигархи в Афинах, не добившись мира со Спартой, поскольку последняя выдвинула совершенно неприемлемое даже для олигархического «совета четырёхсот» требование о полном роспуске Афинского союза, вступили на путь прямой измены и стали подготавливать капитуляцию Пирея. Намерения их, однако, были разгаданы представителями более умеренного олигархического направления, возглавляемого Фераменом. Фриних был убит, и власть перешла к группировке Ферамена. Последовавшее затем поражение при Эретрии снаряжённого олигархами флота и восстание против Афин на Эвбее окончательно подорвали престиж олигархического правительства. Вскоре после этого в Афинах был полностью восстановлен демократический строй. Восстановлены были и раздачи государственных пособий беднейшим гражданам. Афинский флот под командованием Алкивиада направился к Геллеспонту и здесь нанёс ряд поражений спартанцам. Эти победы, увенчавшиеся восстановлением власти афинян над Халкедоном и Византием, обеспечили подвоз в Афины черноморского хлеба. При таких условиях Алкивиад мог спокойно возвратиться в Афины, где он был торжественно встречен всем населением города и избран стратегом с широкими полномочиями.
Последние годы войны
Вскоре общая обстановка снова изменилась не в пользу афинян. Младший сын царя Дария II Кир, получивший в своё управление малоазийские сатрапии, стал оказывать щедрую поддержку Спарте. В это же время спартанский флот был возглавлен талантливым навархом (командиром флота) Лисандром. В 408 г. до н. э. афиняне потерпели поражение в морском сражении у мыса Нотия. Хотя Алкивиад непосредственно и не командовал афинскими кораблями в этом сражении, но афиняне, по-видимому, заподозрили его в каких-то новых политических манёврах и отстранили от должности стратега. На этом заканчивается политическая карьера Алкивиада. Он уехал сначала на Херсонес Фракийский, потом во Фригию, где вскоре был убит.
В эти последние годы войны в Афинах был проведён ряд мер, свидетельствующих о крайне напряжённом положении в государстве. Был, например, отменён известный закон Перикла о составе афинского гражданства, так как при огромной убыли населения потребность в нём отпала. По той же причине рабов стали использовать в качестве гребцов на военных кораблях, тогда как раньше их преимущественно использовали на кораблях торговых. Вызванный войной упадок экономической жизни Афин заставил правительство пойти на такую меру, как диобелия — ежедневная выдача из казны гражданам, не имеющим заработка, пособия в сумме 2 оболов. В 406 г. до н. э. афинский флот одержал последнюю победу над пелопоннесским флотом в сражении у Аргинусских островов. Однако после этого сражения командовавшие флотом афинские стратеги, очевидно в результате происков их политических врагов, были преданы суду по обвинению в том, что они якобы сознательно не подобрали тонувших в море сограждан и не предали погребению тела убитых. Стратеги были приговорены к смертной казни, что, конечно, ослабило афинский флот. В 405 г. до н. э. Лисандр, хорошо понимая, какое значение имеет для афинян Геллеспонт, сосредоточил свои военные силы у этого пролива. Афинский флот также находился в Геллеспонте, избрав местом своей стоянки устье небольшой реки Эгоспотамы. Падение военной дисциплины в афинском флоте к этому времени было настолько велико, что большая часть афинских гребцов и воинов рассеялась по берегу, корабли же стояли без надлежащего военного охранения. Воспользовавшись этим, Лисандр внезапно напал на афинский флот и нанёс ему сокрушительное поражение. Из 180 афинских кораблей около 170 было захвачено спартанцами и только нескольким кораблям удалось уйти в море. Все взятые в плен афинские моряки были казнены.
Капитуляция Афин
Поражение при Эгоспотамах окончательно подорвало силы афинян. От этого удара они уже не смогли оправиться, к тому же враг не давал им возможности опомниться. Вскоре пелопоннесское сухопутное войско и флот блокировали Афины.
Радикальная демократия, которая тогда ещё находилась у власти, и её вождь Клеофонт предприняли ряд героических попыток отстоять город. Был принят закон, угрожавший смертной казнью всякому, кто заговорит о мире. Но положение становилось безвыходным. В осаждённом и отрезанном от внешнего мира городе начались голод и болезни. Всё больше усиливалось влияние олигархических группировок, которым удалось добиться казни Клеофонта. Осада Афин продолжалась ещё несколько месяцев, но в конце концов истощённые голодом афиняне сдались на милость победителя.