В конце 80-х годов политическая анархия достигла апогея. Король Генрих III, подозревая Генриха Гиза в том, что он хочет захватить престол, приказал в декабре 1588 г. убить его и его брата — кардинала. В Париже, находившемся в руках Лиги, главою которой был Генрих Гиз, начались волнения. Лигерские фанатики устраивали на улицах торжественные процессии с зажжёнными факелами, которые они гасили по команде, восклицая: «Так да погасит господь династию Валуа». Католические проповедники произносили в церквах зажигательные речи и вопрошали, неужели не найдётся такой человек, который отомстил бы королю за смерть Гиза. 1 августа 1589 г. Генрих III действительно пал от руки подосланного Лигой убийцы. Королём стал вождь гугенотов Генрих Наваррский (Генрих IV), представитель боковой ветви королевского дома и основатель династии Бурбонов. Но Северная Франция его не признала. Лига выдвинула своего кандидата на престол, брата герцога Гиза. Филипп II не преминул воспользоваться благоприятной для него обстановкой смуты: из Южных Нидерландов началась испанская интервенция, и в Париж, который находился в это время в руках Лиги, был введён в 1591 г. испанский гарнизон с согласия Лиги. Ко всем бедствиям гражданских войн прибавилась война с интервентами, происходившая на французской территории, разорившая и обезлюдившая многие районы Севера.
Всё это переполнило чашу народного терпения. В начале 90-х годов почти во всей стране вспыхнули массовые крестьянские восстания. В 1592 г. началось большое восстание крестьян, известное под названием восстания «кроканов». В 1594—1596 гг. оно охватило уже обширную территорию на юго-западе — Керси, Перигор, Сентонж, Пуату, Марш и др. Крестьяне объединялись в многотысячные вооружённые отряды, выбирали из своей среды предводителей и должностных лиц, завязывали сношения с бедняками городов. Они осаждали дома и усадьбы дворян и сурово карали дворян, заявляя, что более не намерены терпеть их вымогательств, а также откупщиков и сборщиков налогов, которым они дали презрительную кличку «кроканы» (грызуны — croquants). Их лозунг гласил: «На грызунов!» (aux croquants); возможно, что по этой причине восставших позднее стали называть «кроканами». Таким образом, крестьяне выступали как против феодального гнёта своих сеньоров, так и против налогового бремени государства.
Дворянство скоро убедилось, что раздираемая внутренними противоречиями Лига не в силах подавить грозные вспышки гнева крестьянства. Это в состоянии была бы сделать только сильная королевская власть. Но последняя не могла возвратить себе прежнее могущество, пока в стране бушевала гражданская война. Подъём народного движения сыграл решающую роль в резком изменении политической позиции как широких кругов дворянства, так и богатой буржуазии. Размах народных волнений в деревне, напряжённая обстановка в городах, общее экономическое разорение страны угрожали их коренным классовым интересам. Этим объясняется их поворот к абсолютизму уже в начале 90-х годов. Силы мятежной знати слабели. В Париже Совет шестнадцати потерял опору в народных массах, которым его правление не доставило существенного облегчения. Особенно подорвал его престиж союз лигеров с Испанией и ввод в Париж испанского гарнизона. Французский народ на этот раз, как и в начале XVI в., во время вторжения войск Карла V, проявил себя непримиримым врагом интервентов и борцом за политическую самостоятельность страны.
Борьба в 90-х годах обессилила не только Католическую лигу, но и гугенотскую партию, хотя и в меньшей степени, так как кальвинистская буржуазия ещё имела влияние на народные массы южных городов. Полная капитуляция Католической лиги несколько задержалась из-за протестантизма Генриха IV. Но это препятствие было легко преодолимым. В 1593 г. Генрих IV принял католичество, и в марте 1594 г. Париж распахнул перед ним свои ворота. Наступил конец гражданских войн, а в 1598 г. был заключён мир с Испанией.
Генрих IV поспешил оправдать надежды, которые дворяне и буржуазия возлагали на сильную королевскую власть, послав войска для расправы с «кроканами». В 1595—1596 гг. наёмные войска правительства и дворянские отряды выступали против крестьян, которые, несмотря на упорное сопротивление, терпели поражения. В 1596 г. восстание «кроканов» было подавлено, но в 1597—1598 гг. произошла последняя вспышка этого движения, отчасти подавленная силой, отчасти прекращённая при помощи некоторых уступок. «Религиозные войны» завершились торжеством абсолютизма. Правда, это торжество не было полным. Сила сопротивления католической знати не была ещё сломлена до конца, о чём свидетельствуют те политические уступки, ценой которых Генрих IV купил её покорность: огромные денежные суммы, губернаторские должности, крепости и арсеналы.
Генрих IV. Гравюра Г. Гольциуса