В течение 64 лет Даян-хан правил Монголией. Однако объединение страны было непрочным. После смерти Даян-хана в 1543 г. страна вновь распалась на части, на этот раз окончательно. Даян-хан оказался последним всемонгольским ханом. Если до Даян-хана и в первые годы его правления Монголия делилась на Восточную и Западную, то после его смерти началось разделение Восточной Монголии на Северную и Южную, границей между которыми была пустыня Гоби. Старшие сыновья Даян-хана обосновались в Южной Монголии, а его младший сын Гэрэсэндзэ стал родоначальником владетельных князей на севере страны — в Халхе.
Город в Южной Монголии. Китайский рисунок XVI в.
Положение народных масс Монголии было тяжелым, они вели борьбу против гнета своих феодальных правителей. Известен случай, относящийся к 40-м годам XV в., когда один из монгольских феодалов обратился к императору Китая с просьбой о помощи против 1500 самовольно откочевавших от него аратских семейств, которых этот князь не в состоянии был собственными силами заставить вернуться. Император Китая не отказал ему в помощи; беглецы были возвращены их «законному» владельцу. События позднейшей истории монгольского народа позволяют предположить, что наиболее распространенной формой народной борьбы против бесправия и феодальной эксплуатации были самовольные откочевки аратов, попытки в бегстве найти спасение от произвола и гнета своих господ.
Вскоре после смерти Даян-хана из среды монгольских феодалов выделился его внук, известный под именем Алтан-хана Тумэтского (умер в 1582 г.), при жизни Даяна управлявший одним из княжеств Южной Монголии. Алтан-хан заботился об укреплении экономики княжества, поощряя переход подданных к оседлости, к занятию земледелием и промыслами, привлекая в своё владение китайских земледельцев и ремесленников. В 50-х годах XVI в. Алтан-хан на месте своей княжеской ставки начал строить город Куку-хото. В своей внешней политике Алтан-хан стремился к установлению мира и прочных торговых связей с Китаем. В 1570 г. был заключён мир и открыты меновые рынки. В 1571 г. на 4 рынках монголы продали китайским купцам и китайским властям за 12—14 дней более 28 тыс. лошадей, не считая других видов скота и продуктов животноводства. Алтан-хан строго соблюдал условия мира и решительно пресекал попытки князей нарушить его. Такой внутренней и внешней политикой Алтан-хан стремился сколотить под своей властью крепкое феодальное княжество, не претендуя, однако, на распространение своей власти на всю Монголию.
Распространение ламаизма
Алтан-хан первым среди крупных монгольских феодалов принял ламаизм и положил начало его распространению в Монголии в качестве официальной государственной религии. Ламаизм — одно из течений в буддизме. Основателем ламаизма является тибетский монах Дзонхава (1357—1419). Дзонхава сохранил в неприкосновенности основные догматы первоначального буддизма. Внесённые им изменения касались не сущности, а формы буддийской идеологии — они имели целью облегчить распространение влияния церкви на народные массы в интересах господствующего класса феодального Тибета. Идеологи ламаизма шли на компромисс с местными религиозными верованиями и обычаями, включая в буддийский пантеон шаманистские божества. В полном согласии с первоначальным буддизмом Дзонхава и его ученики внушали верующим, что материальный мир — иллюзия, жизнь — страдание, причина страдания — жажда жизни, а средством избавления от страданий является преодоление жажды жизни и её радостей. Исходя из буддистского представления о бессмертии души, Дзонхава учил, что страдания человека объясняются его неправедной жизнью в прошлых существованиях и что, наоборот, добродетельная жизнь в прошлом объясняет благополучное существование в настоящем.
Ламаизм нёс в массы трудящихся проповедь отказа от всякой борьбы за улучшение их жизни на земле, призыв к кротости и смирению. В отличие от первоначального буддизма, в основе которого лежало аскетическое отречение от мира, Дзонхава разрешил ламам (монахам) иметь собственность, поощрял поддержание ламами тесных связей с мирянами. Он создал централизованную церковь с многочисленной армией лам, спаянную строгой внутренней дисциплиной.