Бесконечные междоусобицы в Монголии вели к усилению феодальной эксплуатации масс, что в свою очередь вызывало растущее сопротивление со стороны трудящихся. В этих условиях ламаистская церковь могла явиться для монгольских феодалов мощным союзником, призванным укрепить и увековечить их власть над народом, и они оказывали ей всемерное покровительство. Другой причиной, способствовавшей распространению ламаизма в Монголии, было стремление одних феодалов использовать ламаистскую церковь в борьбе за преобладание над другими феодалами. Центр ламаизма — Тибет — представлял собой феодально-теократическое государство, к союзу с которым в XVI в. стремились многие влиятельные монгольские феодалы. Внутренняя борьба в Тибете в свою очередь заставляла его теократических правителей видеть в монгольских феодалах желанных союзников.
В 1577 г. Алтан-хан объявил себя сторонником ламаизма и приступил к строительству монастырей, приглашая своих аратов идти в ламы и обещая за это освободить их от поборов и повинностей. Почти одновременно с Алтан-ханом объявил себя ламаистом один из наиболее влиятельных феодалов Северной Монголии Абатай, который вскоре сам поехал в Тибет, где получил от далай-ламы благословение и титул Тушету-хана. Широкое содействие со стороны феодалов обеспечило быстрый рост числа монастырей и лам. Араты, задыхавшиеся под бременем непосильных повинностей, шли в ламы, привлекаемые перспективой освобождения от феодальных поборов и надеждой заслужить лучшую долю в последующих «перерождениях».
С течением времени возникла потребность в объединении новосозданной в Монголии церкви. Ее руководитель был найден в семье внука Абатай-хана — могущественнейшего феодала Тушету-хана Гомбо. Одного из его сыновей далай-лама в 1655 г. объявил перевоплощением (хубилганом) известного буддийского «святого» Джебдзун-Даранаты и главой ламаистской церкви всей Монголии. Так зародилась единая ламаистская церковь в Монголии.
Группа всадников под Великой Китайской стеной. Китайский рисунок XVI в.
Ламаистская церковь вскоре стала надежным оплотом монгольских феодалов, а впоследствии и иноземного маньчжурского гнета.
Начало маньчжурского господства в Монголии
Сложившееся в конце XVI в. в Восточной Азии маньчжурское военно-феодальное государство с первого дня своего существования явилось силой, угрожавшей независимости Китая, Монголии, Кореи и других стран Азии. В 1593 г. произошло первое вооруженное столкновение между одним из южномонгольских княжеств и маньчжурскими завоевателями, закончившееся поражением монголов. В дальнейшем, используя феодальную раздробленность Монголии, маньчжуры постепенно ломали их сопротивление и подчиняли своей власти.
Серьёзное сопротивление маньчжурские завоеватели встретили в Южной Монголии со стороны Чахарского ханства, крупнейшего в этой части страны. Правитель чахаров Лигдан, правнук старшего сына Даян-хана, добивался от вассальных ему князей беспрекословного подчинения своей власти, применяя самые суровые меры борьбы против тех, кто противился его воле. Правители маньчжуров пытались склонить Лигдан-хана к союзу с ними для совместной завоевательной войны против Китая, обещая ему почёт и богатства. Но Лигдан-хан решительно отклонил все предложения подобного рода. Он вступил в союз с Минской династией, направленный на совместную борьбу против маньчжурских завоевателей. В 1634 г. произошло решающее сражение между армией маньчжурских завоевателей и силами Лигдан-хана. Не получив достаточной поддержки от других монгольских князей, Лигдан-хан потерпел поражение и покончил самоубийством. Его сын Эчжэ пытался продолжить борьбу против завоевателей, но был вскоре схвачен ими и убит. После этого маньчжуры созвали съезд 49 владетельных князей Южной Монголии. Съезд этот в 1636 г. провозгласил повелителя маньчжуров своим ханом. Южная Монголия, сделавшаяся частью империи маньчжуров, стала после этого называться Внутренней Монголией.
Оказавшись перед угрозой потери независимости, монгольские феодалы Северной и Западной Монголии предприняли попытку объединить свои силы. В 1640 г. в Джунгарии по инициативе ойратского правителя Батур-хунтайджи состоялся съезд 44 владетельных князей с целью обеспечить внутренний мир между феодалами и общими силами отразить маньчжурскую угрозу. Этот мир оказался, однако, очень непродолжительным. Династические и территориальные споры и конфликты, сознательно разжигаемые и обостряемые маньчжурами, привели к новой острой вспышке борьбы между феодалами. В результате спровоцированной маньчжурами междоусобной войны халха-монгольские феодалы в 1688 г. потерпели жестокое поражение от ойратского хана Галдана и отдались под власть Маньчжурской (Цинской) династии. С этого времени Северная Монголия стала именоваться маньчжурами Внешней Монголией.
К концу XVII в. сохраняло свою независимость лишь одно ойратское (Джунгарское) ханство.
Монголия и Русское государство