В начале мая 1592 г. флот под командованием Ли Сун Сина вышел в прибрежные воды провинции Кёнсандо и обрушился на вражеский флот, который поддерживал коммуникации между Японией и войсками захватчиков в Корее. В первых же боях около порта Окпхо (Кёнсандо) корейские моряки уничтожили 44 неприятельских корабля. Блестящие результаты давало боевое применение многопушечных «кораблей-черепах». Сокрушая противника, корейский флот почти не нёс потерь. В бою у острова Хансандо в июле 1592 г. 59 вражеских кораблей было разбито и потоплено. В последовавших за этим сражениях было потоплено ещё несколько десятков кораблей противника. Флот Ли Сун Сина завоевал господствующее положение в Корейском проливе. Победы корейского флота не только расстроили японские расчёты комбинированного наступления сухопутных армий и морских сил вдоль побережья, но и поставили в критическое положение завоевателей, отрезав их от баз. Были созданы условия для полного разгрома врага. В это время восстанавливалась регулярная корейская армия и прибывали подкрепления из Китая, который, помогая Корее, как вассальному государству, защищал этим собственную территорию от японских посягательств.
Победы корейского флота стимулировали более решительную борьбу с японцами. Народные ополчения освобождали один за другим занятые врагом округа в провинциях Кёнсандо и Чхунчхондо. Летом 1592 г. партизанское ополчение Ко Гён Мёна и Лю Пхэн Но (провинция Чолладо) нанесло серьёзный удар японским войскам в районе горы Кёмсан. Во всех провинциях партизанские ополчения переходили в наступление на врага, несмотря на чинимые им корейскими властями препятствия. Так, например, в провинции Чхунчхондо после образования 2-тысячного партизанского ополчения под руководством Чо Хена губернатор провинции издал приказ о роспуске отряда и запретил населению поддерживать его, угрожая в противном случае репрессиями в отношении родственников партизан. Несмотря на это, 700 патриотов во главе с Чо Хеном решили выступить на помощь партизанам Чолладо. В конце августа 1592 г. у горы Кёмсан они вступили в схватку с противником, который превосходил их численно в 10 раз. Вооружённые луками, партизаны потеснили японцев, но последние, отступив на некоторое расстояние, открыли смертоносный огонь из своих мушкетов. В неравной схватке геройски погибли все 700 партизан.
В октябре 1592 г. правительственные войска и партизаны провинции Кёнсандо освободили древнюю столицу Кореи Кёнчжу. При взятии Кёнчжу было применено изобретённое корейцем Ли Чан Соном новое огнестрельное оружие — пушка, стрелявшая разрывными снарядами. К концу 1592 г. японские гарнизоны едва удерживали лишь наиболее важные из занятых ими городов и опорных пунктов.
В то время как на юге разгоралась народная война, на севере против японцев начали действовать присланные на помощь Корее многочисленные китайские войска.
Роспись наружных стен дворца Чхандок в Сеуле. Конец XVI в.
Это резко изменило соотношение сил. В начале 1593 г. объединённые корейско-китайские войска освободили Пхеньян, в течение нескольких недель — всю Северную и Центральную Корею, а в апреле 1593 г. вступили в Сеул.
Однако вследствие медлительности корейско-китайского командования успехи не были закреплены, и остаткам японских войск удалось отойти и укрепиться на южном побережье. Эта медлительность вызывалась не только некоторыми трениями между корейскими и китайскими феодалами, но и тем обстоятельством, что высшие корейские чиновники и военачальники были обеспокоены широким участием крестьян в партизанских отрядах и выдвижением новых талантливых военачальников как из среды дворян, так и из простолюдинов. Стремясь восстановить свои прежние позиции, большинство корейских сановников склонялось к соглашению с Японией.
Это было на руку японцам, которые, начав переговоры, рассчитывали выиграть время и подготовить новые силы для завоевания Кореи. Поэтому Япония избрала тактику бесконечных проволочек и оттяжек. В течение почти трёх лет шли бесплодные переговоры, а когда японцы закончили подготовку к новым военным действиям, Хидэёси сорвал переговоры.
Период переговоров, конечно, был использован и корейской стороной для укрепления своей военной организации. Но правящие круги феодалов прежде всего заботились об упрочении своего положения, устанавливали, прикрываясь военными нуждами, новые налоги, расширяли свои земельные владения, захватывая брошенные крестьянами государственные земли.
С новой силой разгорелись гибельные для страны распри соперничавших придворных клик. Придворные круги организовали травлю популярных в народе военачальников, выдвинувшихся в ходе борьбы против японских захватчиков. Жертвой интриги стал командующий объединённого флота трёх южных провинций Ли Сун Син. Он был обвинён в трусости и разжалован в рядовые матросы.