В марте 1597 г. японцы возобновили в больших масштабах военные действия. Корейский флот был разбит японцами. Это позволило им перебросить многочисленные войска в Корею. Однако корейский народ был гораздо лучше подготовлен к отпору, чем в 1592 г. Воссоздавались старые и возникали новые народные ополчения, более умело и решительно действовали регулярные войска. Король был вынужден снова назначить командующим флотом Ли Сун Сина, который в сентябре 1597 г., имея всего десять судов, нанёс серьезное поражение японцам.
Со всей страны к Сеулу стягивались многочисленные отряды. В Корею прибыли также новые войска и флот из Китая. В октябре 1597 г. в решающем сражении у города Чиксан, недалеко от Сеула, японские войска потерпели поражение. Отходя к побережью, японцы подвергли варварскому разграблению множество захваченных городов и поселений. Во время этих грабежей был сожжён и город Кёнчжу.
Японские войска были прижаты в 1598 г. к побережью и обратились в поспешное бегство. В ноябре 1598 г. Ли Сун Син наголову разбил у Норянчжина огромный японский флот, уничтожив большую часть вражеских кораблей. В разгар этого сражения был смертельно ранен организатор победы Ли Сун Син. Сражением у Норянчжина завершилась война. Японские войска были полностью изгнаны из страны. В начале XVII в. был заключён мир между Кореей и Японией.
Японское нашествие нанесло огромный ущерб корейскому народу. В течение шести лет самые плодородные и населённые районы страны были ареной ожесточённых боёв и подверглись разорению. Посевная площадь сократилась более чем в 3 раза — с 1698 тыс. кёлей до 541 тыс. кёлей. Большинство населения жестоко голодало. Однако корейские феодалы, стремясь восстановить довоенные доходы, беззастенчиво грабили разорённое крестьянство. Одновременно увеличивались феодальные поборы в пользу государства.
По всей Корее росло недовольство крестьян и городской бедноты. Когда японская угроза миновала и в 1601 г. Китай решил вывести из Кореи все свои войска, корейский король настойчиво просил не делать этого, ссылаясь на напряжённое внутреннее положение страны.
В правящем классе разгоралась междоусобная борьба феодальных группировок, которая в 1622 г. вылилась в прямое военное столкновение. Это приводило к ещё большему упадку центральной власти и ослаблению обороноспособности Кореи перед лицом новой опасности — маньчжурского нашествия.
Маньчжурское нашествие
Весной 1627 г. крупные силы маньчжуров вторглись в Корею. Им удалось занять Пхеньян и продвинуться к Сеулу. Король и высшие сановники бежали на остров Канхва и вступили в переговоры с маньчжурами. По достигнутому соглашению корейские правители обязались выдать отступивших из Ляодуна на территорию Кореи китайских солдат и отказаться от помощи Китаю, маньчжуры же обещали вывести свои войска из Кореи.
Это был манёвр маньчжурских завоевателей, откладывавших подчинение Кореи до завершения войны с Китаем. Основные силы маньчжурских войск покинули Корею, предав огню Пхеньян и многие другие города Северной Кореи. Маньчжуры увели с собой тысячи корейских пленных и вопреки своим обязательствам оставили гарнизоны в крепостях Анчжу, Чончжу и Ыйчжу. Они были вытеснены из этих городов только в результате народного восстания.
В 1636 г. маньчжуры предприняли новое вторжение в Корею. Они овладели столицей, осадили расположенную южнее Сеула крепость Намсан, куда укрылся король, а затем высадились на острове Канхва, где захватили семьи короля и высших чиновников. В начале 1637 г., несмотря на наличие значительных вооружённых сил в районах, не занятых маньчжурами, король капитулировал. Было подписано соглашение, по которому Корея признавала маньчжурский сюзеренитет, обязывалась поддержать маньчжуров в войне с Китаем и выплачивать огромную дань.
Вскоре многочисленная маньчжурская армия начала отход на север, уводя с собой заложников из числа видных сановников и угоняя десятки тысяч жителей в рабство. Они оставляли за собой разорённую страну с лежащими в развалинах городами. Чтобы оправиться от разрухи, причинённой грабительскими нашествиями японцев и маньчжуров, Корее потребовалось несколько десятилетий.
Культура
В XV столетии в Корее появляются первые крупные труды по истории и географии, развивается книгопечатание с применением подвижного шрифта, был изобретён национальный алфавит. Практические потребности, связанные с развитием сельского хозяйства, дали толчок развитию агрономии, астрономии и метеорологии. Так, были сконструированы приборы для определения географических координат по небесным светилам, дождемер, различные типы водяных часов и пр. В XVI в., вследствие слабого промышленного развития страны, не наблюдалось большого прогресса в естественных науках и технике. Исключение составляла военная техника, получившая стимул к своему развитию в XVI в. во время борьбы против японских захватчиков (изобретение Ли Чан Соном пушки, стрелявшей разрывными снарядами на расстояние 500—600 шагов, применение бронированного «корабля-черепахи»).