Первоначально завоеватели разделили между собой всю землю, превратив большие массы местного населения в своих рабов (система репартимиенто). В 1542 и 1545 гг. королевской властью была введена новая система — энкомиенда, согласно которой индейцы объявлялись вассалами короля, но отдавались под опеку (энкомиенду) испанских колонистов, на которых должны были работать. Фактически положение индейцев осталось таким же бесправным, как и раньше. В порабощении и угнетении индейского населения большую роль играла католическая церковь, захватившая громадные земельные владения. Насильственное обращение в христианство, террористический режим, специальные поборы в пользу церкви — всё это создавало особо тяжёлое положение для индейцев в церковных владениях. Владения церкви были так велики, что они образовали целые церковные государства.
Многочисленные восстания индейцев жестоко подавлялись соединёнными силами колонистов, испанского правительства и католической церкви.
К середине 30-х годов XVI в. Испания овладела в Южной и Северной Америке громадными территориями, из которых образовалась обширная колониальная империя. Отсюда в Испанию поступали непрерывным потоком драгоценные металлы, табак, ценные породы дерева и красители. Главные доходы с колоний получали королевская казна, католическая церковь и феодальная знать Испании, из среды которой назначались вице-короли, губернаторы, высшее чиновничество колоний.
Португальская колониальная империя
С совершенно иными условиями встретились португальцы в Индии. Здесь им пришлось иметь дело с народами древней высокой культуры, находившимися на стадии развитого феодализма, прекрасно знакомыми с огнестрельным оружием. Завоевать Индию, Индо-Китай, Индонезию, Китай и другие страны, входившие в зону, «доставшуюся» Португалии по разделу с Испанией, было невозможно. Но португальцы сумели воспользоваться одним важным преимуществом: они обладали более сильным флотом, чем мелкие феодальные владетели в Индии, Индонезии, Индо-Китае. Пиратскими методами захватывая, грабя, истребляя экипажи кораблей мусульманских купцов, державших в своих руках морскую торговлю Индии до прихода европейцев, португальцы становятся хозяевами Южных морей и Индийского океана. Достигнув здесь господства, они полностью захватывают в свои руки морские коммуникации на Индийском океане и вокруг Африки.
Ормуз. Гравюра XVI в.
Свое господство на Южных морях португальцы обеспечивали сетью укрепленных военно-морских баз в наиболее важных стратегических пунктах. В 1510 г. был захвачен Гоа в Индии, ставший центром португальской колониальной империи на Востоке, местом пребывания вице короля. Затем были захвачены Диу, Даман и Бомбей (Индия), Ормуз (Персидский залив), Малакка (Малайский полуостров), Макао (Китай), китайский остров Тайвань, Молуккские острова и ряд других пунктов. Опираясь на эту сеть крепостей, португальцы заставили мелких феодальных владетелей отдавать им в виде дани или по минимальным ценам всю добычу драгоценных пряностей.
Португальцы захватили на Востоке громадные богатства как путем пиратства на морях, так и путем ограбления городов и феодальных владетелей Южной Азии. Наконец, громадные барыши они получали от торговли с азиатскими и африканскими странами. На вывозе пряностей из стран Азии они извлекали обычно 400 и более процентов прибыли. Лиссабон и Гоа стали крупнейшими рынками рабов. Индийцы говорили о португальских завоевателях: «Счастье, что португальцев так же мало, как тигров и львов, иначе они истребили бы весь род человеческий».
На полный военный захват страны, как это сделали испанцы в Америке, у португальцев в Индии не хватило сил, но ими систематически проводился колониальный грабеж в форме монопольного присвоения и вывоза наиболее ценных продуктов восточных стран. Там, где это представлялось возможным, португальцы действовали совершенно так же, как испанцы. В Бразилии португальцы ввели ту же систему эксплуатации, что и испанцы. Громадные доходы от португальской колониальной империи в Индии и Бразилии шли прежде всего в пользу казны, так как все наиболее выгодные предметы торговли были объявлены королевской монополией. Феодальная знать и дворянство обогащались в качестве представителей королевской власти в колониях; наконец, католическая церковь, насильственно обращавшая в христианство население Бразилии и португальских укреплённых пунктов в Индии, также извлекала значительные выгоды из португальской колониальной империи.