Сопротивление Чехии привело к временному примирению внутренних разногласий в католическом лагере. Достигнуто было соглашение между императором Фердинандом II (1619—1637) и Максимилианом Баварским, главой Католической лиги. Немецким католикам удалось также активизировать испанскую политику, в результате чего австрийскому эрцгерцогу Альбрехту была предоставлена возможность вербовать войска в Испании для борьбы с Фридрихом Пфальцским. Польский король Сигизмунд III также обещал помощь Фердинанду. Соотношение сил перед решающей битвой между Чехией и объединившимся против неё враждебным лагерем было не в пользу чехов. Надежды чехов на Фридриха Пфальцского и на Протестантскую унию не оправдались. После длительных переговоров с Максимилианом Баварским руководители унии договорились с ним о предоставлении друг другу «свободы действий» в Чехии при условии соблюдения статус-кво в самой Германии. Это означало, что уния позволяла войскам Католической лиги расправиться с восставшей Чехией.
Результатом этого был разгром чешских военных сил численно превосходившими их войсками противников в битве у Белой Горы 8 ноября 1620 г.
Эта битва роковым образом повлияла на соотношение сил и всю ситуацию в Центральной Европе. Чехия оказалась полностью покорённой Габсбургами. Чехия, Моравия, Силезия, Верхняя и Нижняя Лужицы были заняты войсками Фердинанда II. Иезуиты и чиновники Фердинанда II массами казнили чехов. Среди казнённых имелось много государственных деятелей. В 1620—1621 гг. из Чехии были изгнаны кальвинисты и лютеране. Террор и репрессии сопровождались массовыми конфискациями, в результате которых большая часть недвижимого имущества казнённых и бежавших чехов перешла к католикам, в том числе к наводнившим страну иностранцам, главным образом немцам. В городах и деревнях Чехии было запрещено всякое некатолическое богослужение.
Католическая реакция свирепствовала также в Австрии и Германии, где она имела своим результатом обогащение католиков и усиление Габсбургов и Виттельсбахов за счёт мелких княжеств. Фридрих Пфальцский, злосчастный чешский «король одной зимы», бежал в Бранденбург. Он был подвергнут имперской опале, а его звание курфюрстра передано Максимилиану Баварскому. В Пфальце хозяйничали испанцы, которые вместе с войсками лиги продвигались к нидерландской границе.
Война в Германии продолжалась. Наёмники Мансфельда, занимавшие Эльзас, также продвигались к Нидерландам, стремясь опередить войска лиги. Силы протестантов распадались. К началу 1624 г. окончательная победа католиков, казалось, была неизбежной. Однако уже в 1621 г. начались крупные крестьянские волнения в Чехии и Австрии. В одном лишь Градецком крае Чехии восстало 6 тыс. крестьян. Одновременно началось крестьянское восстание в Верхней Австрии, вызванное усилением феодального гнёта и грабежами баварских войск. Восстания были подавлены с невероятной жестокостью войсками Валленштейна. Однако они обнаружили таившиеся в народе грозные силы сопротивления. Победа католической реакции стала возможной только благодаря активной роли баварских войск и руководимой ими Католической лиги.
Таким образом, успехи католиков вели к углублению противоречий в их собственном лагере. Не подлежало также сомнению, что попытки Испании использовать сложившуюся ситуацию для приобретения баз в Северной Германии с целью восстановления своего господства в Северных Нидерландах вызовут большие осложнения и неминуемо повлекут за собой расширение конфликта.
Казнь чешских дворян и горожан в 1621 г. в Праге. Листовка того времени.
Второй (датский) период войны (1625—1629 гг.)
К 1624 г. военное положение протестантского лагеря Германии было весьма плачевным. Однако усложнившаяся международная обстановка давала протестантским князьям некоторые шансы на успех. Перспектива утверждения Габсбургов в северных районах Германии и на Северном море не только грозила самостоятельности Голландии, но и представляла угрозу интересам как Франции и Англии, так и России и Швеции. Появление австрийцев и испанцев в районе южного побережья Балтийского моря привело бы к их соединению с силами шляхетской Польши, являвшейся тогда форпостом католической реакции на востоке и в то же время противником Швеции и России. Наступление Габсбургов было ещё более опасным для Дании, имевшей территориальные владения в Северной Германии и стремившейся укрепить там свои позиции с целью завоевания господствующего положения на Балтийском море. Дания и Швеция, соперничавшие между собой в борьбе за Балтийское море, сами преследовали в Балтике и в Северной Германии агрессивные цели. Перспектива утверждения в этом районе Габсбургов и Польши представлялась им как угроза появления здесь нового, более сильного соперника, более того — как угроза их собственным территориям.