Сторонники папы, Медичи и утратившая власть флорентийская аристократия вели ожесточённую борьбу против Савонаролы в самом городе. В 1497 г. папа Александр VI отлучил его от церкви, но Савонарола отказался подчиниться папе, заявив, что папская власть низвергает церковь, а следовательно, является властью сатаны. Однако в своей борьбе против папы и духовенства Савонарола и в этот период открытого разрыва с Римом ограничивался требованием созыва церковного собора, который низложил бы папу, и проектом некоторых церковных реформ; порывать с католицизмом он не собирался.
В городе царили голод и безработица, так как закрылось много предприятий и работавшие в них были выброшены на улицу; кроме того, во Флоренцию прибывали массы крестьян, искавших убежища во время непрерывных военных действий. Налоговое бремя оставалось тяжёлым, ссудная касса не облегчила положения бедноты. Популярность Савонаролы среди народных масс уменьшалась. Окончательно подорвало его авторитет то обстоятельство, что французы, восстановившие грабежами против себя население, были вынуждены поспешно покинуть Италию. Савонарола был схвачен в 1498 г. приверженцами папы и Медичи, осуждён как еретик и казнён.
Причина падения Савонаролы заключалась главным образом в социальной неоднородности и неустойчивости тех слоев населения Флоренции, которые были противниками единоличного правления Медичи. Наряду с плебейской беднотой среди них было немало колеблющихся элементов, принадлежавших к средним слоям торговцев и ремесленников, которые в обстановке экономического упадка стремились спасти своё обеспеченное положение. Эти элементы были противниками каких бы то ни было мер, направленных против собственности; именно их интересам отвечали умеренные реформы, проведённые Савонаролой. Что же касается плебейской оппозиции, то она не была способна вследствие своей классовой незрелости выдвинуть такую программу социальных преобразований, которая послужила бы основой для организованной борьбы народных масс. Разочаровавшись в Савонароле, народные массы не смогли выступить самостоятельно.
Непрочностью социальной опоры Савонаролы объясняется и то обстоятельство, что он возлагал свои надежды на внешнюю силу — на французов. В 1512 г. во Флоренцию с помощью Испании вернулись Медичи.
Дальнейший ход и окончание итальянских войн
Несмотря на неудачу Карла VIII, последующие французские короли продолжали захватнические походы в Италию. Попытка Людовика XII захватить Неаполитанское королевство была безуспешной. Французская экспансия натолкнулась в Италии на испанскую. Разгорелась борьба между Людовиком XII и испанским королём Фердинандом Арагонским, которому к 1504 г. удалось вытеснить французов из Южной Италии. Людовик XII сумел на время овладеть (с 1499 г.) Миланским герцогством. Борьба между Францией и Испанией, в которую вмешались также Англия и Швейцария, определяла судьбу беззащитной Италии. Папа, стремясь усилить своё собственное влияние в Италии и захватить новые территории, лавировал между воюющими сторонами, сближаясь то с Францией, то с Испанией.
Проповедь Савонаролы. Гравюра на дереве 1496 г.
В 1512 г. испанцы полностью изгнали французов из Италии, но при Франциске I борьба возобновилась. Теперь французы претендовали на захват лишь Северной Италии. Вступивший в 1516 г. на испанский престол первый представитель династии Габсбургов Карл I (вскоре — в 1519 г. — ставший и германским императором под именем Карла V) унаследовал права на Южную Италию и вмешался в борьбу за Италию. Войны шли с переменным успехом, пока Франциск не потерпел полного поражения в битве с войсками Карла V при Павии (1525 г.).
В 1526 г. папа Климент VII, Флоренция, Милан и Венеция сблизились с Франциском I, так как наибольшую опасность в тот момент представлял для них усилившийся Карл V. Образование антииспанской лиги с участием папы послужило причиной захвата войсками Карла в мае 1527 г. Рима. В течение многих дней город находился в полной власти немецких ландскнехтов и испанских солдат Карла. Общественные здания и дома частных лиц подвергались разгрому и ограблению. Разыскивая деньги и драгоценности, солдаты пытали жителей. Несколько тысяч человек было убито, часть города полностью разрушена.
По миру в Камбре в 1529 г. французам пришлось отказаться от своих притязаний на Италию, но позднее они предприняли новые, столь же неудачные попытки изгнать Габсбургов из Италии. Итальянские войны закончились в 1559 г. миром в Като-Камбрези, по которому большая часть Италии была включена в империю Габсбургов.
Борьба народных масс против чужеземных захватчиков