Кроме того, Имхотепа египтяне чтили как изобретателя искусства строительства из тесаного камня. Ранее в основном применялся сырцовый кирпич, изготавливаемый из глины с добавлением соломы, камень шел лишь на отдельные стелы и обелиски, а единственной каменной постройкой была погребальная камера Хасехемуи. Имхотеп же возвел архитектуру на совершенно новую ступень, намного опередив свое время. Две тысячи лет спустя зодчие эпохи Птолемеев, возводя храм Гора в Эдфу, утверждали, что ориентируются на сохранившийся план Имхотепа. А по безупречной форме ступеней выстроенной им пирамиды можно с уверенностью судить о том, что Имхотепу уже было известно доказательство теоремы, названном именем математика, жившего намного позже, но учившегося в Египте, — Пифагора.
До Джосера царей Египта хоронили почти так же, как и всех аристократов, в небольших мастабах — одноэтажных четырехугольных склепах, внутри которых делалось нечто вроде многокомнатной квартиры для главы семьи, для его супруги, для тех из их детей, что не дожили до зрелого возраста. Но зодчий Имхотеп создал для своего правителя нечто совершенно новое, возведя дотоле невиданное сооружение — пирамиду.
Археологи и архитекторы уже много раз подетально разобрали план пирамиды Джосера, выявив несколько этапов строительства. Возведена она на идеально выровненном скальном основании площадью более полутора гектаров и сориентирована по сторонам света — пригодилось отличное знание астрономии. Недостатка в рабочей силе не было, и умение разрушать твердый камень с помощью огня, воды и диоритовых молотов было уже накоплено. Но как была достигнута идеальная горизонтальная поверхность, ученые спорят до сих пор, ведь считается, что египтяне не знали такого довольно простого и привычного нынче инструмента, как уровень. Возможно, они использовали воду: ее поверхность строго горизонтальная. Однако против этого говорит то, что в Саккаре воды нет. Возможно, нивелирование было произведено с помощью треугольника и простого устройства, состоявшего из треноги и грузика, свисающего с ее вершины.
Первоначально гробница фараона была такой же, как у его предшественников, разница заключалась лишь в том, что строилась она не из кирпича, а из камня. На каменном основании была возведена обычная мастаба высотой 9 метров со сторонами по 63 метра, под ней вырублена шахта глубиной 28 метров, на дне которой была устроена погребальная камера. В этом колодце ученые обнаружили множество сосудов из алебастра и обломки фаянсовой плитки, изображавшей звездное небо, некогда она украшала потолок склепа. Аналогичные орнаменты есть и в более поздних пирамидах, но здесь они встречаются впервые. В саркофагах сохранились мумии ближайших родственников Джосера, а от него самого — лишь статуя и кусочек ноги.
На втором этапе строительства гробницу увеличили со всех четырех сторон на 4 метра, так что ее размеры превысили размеры мастаб прежних фараонов. Потом ее удлинили на 10 метров в восточном направлении, и она приобрела форму прямоугольника. Возможно, планировалось, что пристройка будет служить молельней. Гробница стала уже огромной по меркам того времени, но все равно фараон не чувствовал себя удовлетворенным.
И вот тогда Имхотеп сумел предложить нечто, непохожее на все существовавшие до него постройки. Фактически он изобрел новую архитектурную форму, которую затем на протяжении тысячелетий использовали архитекторы: на крыше получившейся мастабы он возвел еще три — но меньшего размера общей высотой 40 метров, получив прообраз будущей пирамиды из четырех ступеней.
Получившееся сооружение уже было невиданным не только в Египте, но и во всем Древнем мире, однако Имхотеп на этом не остановился: он приказал эту пирамиду заново расширить, на этот раз с западной и северной сторон, и, кроме того, добавил еще две ступени наверху Окончательные размеры основания достигли 125x115 метров, а высота — 61 метр. Всего на строительство ушло примерно 850 000 тонн камня.