Между тем 2 января, в свое время, в монастыре ранним утром начали богослужение. Часов около шести отец Павел, выходя из своей кельи на раннюю Литургию, почувствовал близко запах дыма. Постучал с молитвою в двери к отцу Серафиму; но ответа не было, а дверь была на крючке. Было еще темно, отец Павел вышел на крыльцо и позвал братий, проходивших в церковь. Один из послушников, Аникита, бросился к келье старца, откуда чуялся запах, и сорвал дверь с запора. В ней было темно. Старца не было видно сначала. На скамье тлели некоторые холщовые вещи и книги. Бросились за снегом и потушили огонь. Когда же принесли свечу, то увидели, что старец в своем обыкновенном белом балахоне-подряснике стоял на коленопреклоненной молитве пред малым аналоем. Пред ним стоял образ Пресвятой Богородицы «Умиление». На аналое лежала богослужебная книга, по которой отец Серафим совершал свое молитвенное правило. На ней лежали крестообразно сложенные руки, а на них склонилась честная глава святого старца: так записано в издании Жития старца от 1863 года. Но Н. А. Мотовилов в своей записке «Достоверные сведения о двух Дивеевских обителях» пишет иначе: «Батюшка скончался на коленях в молитве, со сложенными крестообразно руками, а не поникши вниз и лежащим на книге, как в сем издании 1863 года изображено. А что он действительно стоял на коленях, в таком именно, а не на книге, положении скончался, слышал я тогда по приезде моем из Воронежа, лично от самого игумена Нифонта и живших возле батюшки отца Серафима иеромонаха Евстафия и иеродиакона Нафанаила, и которых игумен Нифонт призвал к себе при мне для того, чтобы о нем подробно сами мне сказали». Нужно более верить этому описанию кончины. Так писали и первые составители Жития святого — иноки Сергий, Георгий и Иоасаф. И только позже них Елагин изобразил дело иначе. Можно думать, ему, как светскому человеку, представлялось «неестественным», чтобы умершее тело оставалось еще и на коленях, а не упало вниз; потому он, вероятно, и истолковал «проще» и «естественнее» кончину старца. Но мы в Житии святого видели несравнимо большие чудеса. Поэтому останемся при общем и установившемся предании, что отец Серафим скончался стоя коленопреклоненно пред аналоем, а не на нем. Так его изображают и прежние, и последние иконы. Так приняла и Русская Церковь в акафисте святому. С этим сходится и другое показание, что на груди его висел материнский крест — благословение на монашество: иначе бы его не было сразу видно под главою на книге. Тело старца было еще тепло: точно дух отлетел от него только что. В это время в церкви пели уже «Достойно есть». Один из молодых послушников, узнавший о кончине, вбежал в храм и тихо оповестил о том некоторых из братий. Тотчас тесная келья наполнилась народом. Доложили игумену. И по его благословению подняли тело старца и положили в соседней келье иеромонаха Евстафия. Там омыли ему чело и колени (разоблачать монахов не позволяется), положили в известный нам дубовый гроб и тотчас же вынесли почившего в соборный храм.
После, разбирая вещи преподобного, заметили, что и Псалтирь, лежавшая на аналое, тоже несколько обгорела: вероятно, свеча, которая горела пред аналоем, упала на книгу и запалила ее, потом упала на другие вещи, и они затлелись. Так сбылось предсказание отца Серафима, что его смерть «откроется пожаром».
Для чего же именно случился небольшой пожар, трудно гадать: был ли он простым указанием кончины, согласно прозрению святого, или он нужен был, чтобы братия были очевидцами необыкновенной смерти коленопреклоненного старца, или же она имела символический смысл тления всего мира, для огня блюдомаго (см. 2 Пет. 3, 7) — Бог весть... Только нам известно, что все подлежит разрушению через огонь, после этого будет «новое небо и новая земля, на которых обитает правда» (ср. Откр. 21, 1), — будет новый духовный мир и духовный человек с духовным телом (см. Рим. 8, 18-24; 1 Кор. 15, 35-51), подобным Воскресшему Христу Господу (см. Ин. 3, 2). Будет «новый Иерусалим» (Откр. 20), о котором пел победные песни пасхальные преподобный Серафим в последнюю ночь свою на земле, чтобы от нее перейти потом, в свое время, к свету «Невечерняго дне Царствия Христова»... И одно нам несомненно, что на «этой» земле никогда не будет и не может быть «рая», о коем мечтательно гадают некоторые даже христиане, забывая, что сущность христианства заключается, по учению Христову, апостольскому, отеческому и Серафимову, «в стяжании Благодати Святого Духа» еще здесь и в устроении «несозданного Царствия Божия», по слову святого Григория Паламы, там. И новый мир будет совершенно иной, духовный, а не материальный.