Революция победила, но вопрос о власти, о характере ее политического курса оставался открытым. 3 января 1959 года главой Временного правительства был объявлен видный деятель умеренного крыла оппозиции М. Уррутиа, а главой правительства Х. Кордона. С другой стороны, сохранялась Повстанческая армия, которая контролировала реальное положение дел на местах. Таким образом, в стране изначально возникло двоевластие. Каждая из властей по-разному видела дальнейшее развитие событий. Не удивительно, что между ними быстро начали нарастать разногласия. Под давлением повстанцев была запрещена деятельность тех политических сил, которые сотрудничали с Батистой, они настаивали на проведении радикальной аграрной реформы, принятии современного законодательства в области трудовых отношений. В феврале 1959 года правительство Кордоны ушло в отставку. Его место занял Ф. Кастро.
Новое правительство сразу же заметно радикализировало всю социально-экономическую политику, полагая, что только резкий качественный скачок в этой сфере поможет Кубе преодолеть отсталость, модернизировать свое общество и выйти на современный уровень развития. Правительство Кастро повысило зарплату и одновременно снизило цены на коммунальные услуги. Но наиболее важным мероприятием этого этапа преобразований стал Закон об аграрной реформе от 17 мая 1959 года, ликвидировавший крупные земельные владения (больше 400 га). Этот закон стимулировал поляризацию сил в кубинском обществе. С этого момента США отбрасывают в сторону даже видимость сдержанности и открыто начинают поддерживать противников новой власти.
Все более откровенное вмешательство американцев, которых традиционно не любили в Латинской Америке, только консолидировало революционный лагерь, радикализировало и его руководство, и рядовых участников. В июле 1959 года в отставку ушел Уррутиа, новым президентом стал сторонник Ф. Кастро, О. Д. Торрадо. Революционные власти еще решительней пошли по пути углубления преобразований. Была введена монополия государства во внешней торговле. Стали создаваться Комитеты защиты революции, взявшие на себя охрану порядка. На предприятиях стал вводиться рабочий контроль.
Независимая политика Кастро стала восприниматься в Вашингтоне как представляющая угрозу интересам США. Был взят курс на экономическое удушение новой власти. Но это лишь подстегивало радикализм кубинских революционеров. В ответ на введение эмбарго на поставку нефти на Кубу Кастро объявил о национализации предприятий, принадлежавших США, и обратился к СССР с просьбой о поставках советской нефти. Тогда США практически полностью свернули свои торговые отношения с Кубой. Именно жесткий курс США толкал правительство Кубы на меры, носившие в своей основе антикапиталистический характер, о чем первоначально не было и речи. Уже к концу 1960 года общественный сектор занял ведущие позиции в аграрном производстве, да и в промышленности государство стало играть ключевую роль. В октябре были национализированы все крупные и средние предприятия, принадлежавшие национальному капиталу.
Тем временем в Вашингтоне быстро крепли позиции тех, кто полагал, что надо силой заставить Кубу вернуться на «правильный» (с точки зрения США) путь развития. В январе США разорвали дипломатические отношения с Кубой. В ответ Кастро декларировал, что революция на Кубе носит социалистический характер и кубинцы будут строить общество нового типа. Все это способствовало быстрому сближению Кубы с СССР, превращению ее в союзника нашей страны.
17 апреля 1961 года при поддержке США в районе Плайя-Хирон высадилось более полутора тысяч кубинских контрреволюционеров, намеревавшихся свергнуть правительство Кастро. Однако эта авантюра завершилась полным провалом и лишь еще больше подняла и без того очень высокий авторитет Кастро. Поскольку было очевидно, что США не оставят попыток свергнуть неугодное им правительство Кастро, по договоренности с СССР началось интенсивное укрепление обороноспособности Кубы. Это способствовало еще большей эскалации конфликта, кульминацией которого стал Карибский кризис (октябрь 1962 года), поставивший мир на грань неконтролируемого термоядерного конфликта.
Кризис, оказавший очень большое воздействие на всю международную жизнь, удалось урегулировать. Что касается его последствий собственно для Кубы, то, во-первых, стало ясно, что правительство Кастро достаточно прочно и уверенно контролирует ситуацию в стране и надежды на его падение беспочвенны, во-вторых, необходимым условием успешной модернизации общества стал все более тесный альянс с СССР, ибо без этого над Кубой постоянно висела угроза американской интервенции, в-третьих, сложившаяся ситуация детерминировала особенности кубинского варианта модернизации общества.