Еще в конце IV в. законом римских императоров Аркадия и Гонория за христианскими епископами была признана роль арбитров в делах, касавшихся церкви, либо таких, где затрагивались нематериальные, моральные стороны межчеловеческих отношений. Тем самым предполагалось сделать церковь реальной участницей государственного суда и управления. Дела церковно- и священнослужителей между собою после обособления клира как бы незаметно составили внутреннюю прерогативу церковной организации. Собором в Агде (506) было прямо запрещено духовным лицам звать других в светские суды (т. е. подавать в них иски и жалобы). В 614 г. Парижский поместный собор утвердил полный судебный иммунитет священнослужителей, запретив любое светское вмешательство в дела священников. И даже в случае тяжб между церковными и светскими властями, между светскими и духовными лицами преимущество юрисдикции было на стороне епископского суда. В этом состояла одна из важнейших сословных привилегий духовенства.
С утверждением феодальных отношений церкви, монастыри, епископы приобрели все полномочия сеньориального суда в отношении вассалов, подвластного населения, зависимых сословий. Из этого источника стала брать начало все большая власть церковных судов в отношении самого разного рода дел и различных слоев недуховных лиц.
Суды канонического права основывались на более сложной судебной процедуре, чем обычные феодальные суды. Отличия в особенности проявились к XII в., когда в каноническом праве стали заметны традиции римского права, переработанные и обновленные соответственно новым церковным требованиям. К основным судопроизводственным порядкам варварских времен и феодального суда церковь относилась неприязненно. В 1215 г. Четвертым Латеранским собором было запрещено священнослужителям принимать участие в судебных испытаниях — ордалиях; тем самым это привычное средство отыскания «Божьей истины» ставилось как бы вне церковного закона. Настойчиво церковь преследовала судебные поединки.
В церковных делах безусловное предпочтение отдавалось чисто письменной процедуре. И подача жалобы, и возражения ответчика должны были быть обязательно письменными. Стороны задавали друг другу вопросы в ходе слушания по письменным запискам. Решение суда также фиксировалось. Обязательно записанными были показания свидетелей — под присягой и под угрозой кары за лжесвидетельство. Согласно процедуре канонического права, стороны могли иметь представителей (advocati), которые приводили юридические аргументы, давали ссылки на источники права в помощь тяжущимся.
Строгий формализм в судебной процедуре был взаимосвязан с вообще новым подходом канонического права к смыслу судопроизводства. Суд должен был не установить правоту одной стороны и осудить другую, суд должен был выяснить истину по делу, может быть, даже в частичное или полное нарушение интересов того, кто возбудил обвинение или жалобу. Судье полагалось самому допрашивать стороны по собственному разуму и совести, ему полагалось быть внутренне убежденным в обоснованности и справедливости (в том числе с точки зрения канонических догматов) своего решения по делу. Судья должен был выяснять не только материальные обстоятельства дела, но и разного рода мотивы — иногда и «то, что грешник сам, может быть, не знает или из стыда желает скрыть». Это привело, в свою очередь, канонические суды к очень жесткому отношению к доказательствам. Были разработаны некоторые правила разграничения доказательств (не относящихся к делу, неясных или неопределенных, свидетельствующих то, что порождает неясность, противоречащих природе и потому бесполезных). Излишне формальные и жесткие требования к природе доказательств были затруднением в возбуждении уголовных преследований. А убеждение в изначальной греховности любого сочлена мирской жизни и его сопротивление покаянию (одна из основ церковной богословской доктрины) подтолкнули каноническое право и судопроизводство к преувеличенной значимости собственного признания обвиняемого. Это существенно перестроило инквизицийонное судопроизводство.