По решению IV Латеранского собора в особые обязанности церковных властей впредь входила борьба с проявлениями разного рода ереси. Даже против просто подозреваемых в ереси или сочувствии ей, если те не смогут доказать своей невиновности и опровергнуть обвинений, следовало возбуждать преследования. В этих условиях церковные суды должны носить особый инквизиционный характер, исходить из презумпции виновности и греховности обвиняемых. Преследование еретиков поручалось монахам доминиканского, а затем других орденов (1233). Для этого учреждались особые должности церковных судей — инквизиторов. Инквизиторы были вскоре признаны неподсудными обычному церковному суду, получили право на личное обращение к папе, поставлены вне всякого административного контроля епископов. В 1252 г. папа Иннокентий IV одобрил создание инквизиционных трибуналов из 12 судей во главе с епископом. В следствии и судебном исследовании доказательств инквизиторам разрешалось применять пытки. В уголовных делах собственное признание (особенно в вопросах обвинений в ереси, а при желании под таковое могли быть притянуты любые расхождения с церковными правилами) стало основным видом доказательства, свидетельствующим и о правоте выводов суда, и об очищающем греховную душу раскаянии преступника. Это надолго деформировало судопроизводство в канонических судах в случае наиболее важных обвинений и преследований.
Церковная судебная процедура оказала значительное влияние и на светские суды в Европе. Излишне жесткое и своеобразное отношение канонического права к процессуальным доказательствам стало, однако, причиной для распространения в юстиции излишнего затягивания разбора дел, начала практики многомесячных и многолетних тяжб.
Брачно-семейное право
Совершенно особой по значимости областью канонического права было регулирование брачно-семейных отношений. Христианскими канонами были заложены принципы всех семейных отношений христианского мира, включая и чисто юридические стороны. Поэтому каноническое право не просто оказало влияние на регулирование этой сферы. Долгие столетия во всех странах оно заменяло своими правилами национальное брачно-семейное право.
Брак
в каноническом праве понимался и как соглашение между супругами (здесь проявилось прямое влияние позднего римского права), и как, главное, таинство священного содержания: «Брачный союз, посредством которого мужчина и женщина устанавливают между собой общность всей жизни, по самой природе своей направлен ко благу супругов и к порождению и воспитанию потомства» (Corpus juris canonici, art. 1055). То, что брак считался договором (contractus), предопределяло взаимные права и обязанности супругов. То, что он был таинством, предполагало его неотменимость; в результате брачного сожительства создавался особого рода кровно-родственный союз супругов, и разорвать его было не во власти людей.Для заключения канонического брака важнейшим моментом считалось выражение взаимного согласия на брачный союз. Совершали брак сами брачующиеся (ими могли быть мужчины с 16 лет, женщины — с 14 лет). Все остальные рассматривались только как ассистенты — их могло и не быть. До XVI в. (до решений церковного Тридентского собора) присутствие священника на брачной церемонии не было обязательным, его мог заменять и мирянин. Бракосочетание могло быть и тайным. Возможность заключения брака без священника и только при свидетелях сохранилась в исключительных случаях и в дальнейшем.
Из этого главного принципа — взаимное согласие порождает брак — вытекали все остальные существенные элементы брачного права. Поэтому в особенности детально были отрегулированы юридические аспекты проявления согласия. Вступать в брак могли все, кому это не было воспрещено. О предстоящем заключении брака проводилось оглашение, с тем чтобы выявить возможные препятствия. Среди таких были импотенция, состояние в другом браке, состояние в сане священника или под обетом целомудрия, кровное родство будущих супругов. Дискредитировало брак заключение его в результате убийства будущим супругом предыдущего, путем похищения, состояние свойства или нарушение публичной благопристойности (чрезмерная разница в возрасте или иное). В отличие от греческого церковного права не считалось препятствием состояние духовного родства между супругами. Счет родства в качестве препятствия для вступления в брак велся по римской традиции. Все это были условия непререкаемые, отменить значение лишь некоторых мог только лично папа.