Оказалось, что согласие между архиепископом и гражданами было непрочным. Конрад задумал было воспользоваться раздорами между местной аристократией и ремесленными цехами (между «cives majores» и «cives minores») в ущерб городским привилегиям; ради этой цели он внезапно покинул город и из его окрестностей прислал горожанам объявление войны. Посредником между горожанами и архиепископом выступил всеми уважаемый ученый-доминиканец Альберт фон Больштедт, известный «Albertus Magnus», человек весьма замечательный. Это был страстный естествоиспытатель, который устроил в садах своего монастыря теплицу, где всю зиму выращивал плодовые деревья и цветущие растения, и, ревностно изучая Аристотеля, большую часть времени посвящал весьма остроумным опытам, в то же самое время увлекался своего рода «философским камнем», стараясь добиться, чтобы ветки простого дуба, посаженные в земле, при помощи особого ухода превратились в виноградную лозу. Мир, кое-как восстановленный Альбертом, опять был нарушен вследствие каких-то недоразумений. Конрад в гневе вновь покинул город и, засев в соседнем Роденкирхене, держал Кёльн в блокаде. Усобица разгорелась, и дело дошло до открытой битвы, которая закончилась поражением архиепископского войска. Альберт опять добился того, что мир был восстановлен, и в результате появился весьма обстоятельный акт, так называемый Laudum Conradinum (1258 г.), нечто вроде Великой хартии, которым были установлены все административные порядки Кёльна и были сделаны первые уступки собственно демократическому принципу. Вскоре Конрад воспользовался жалобой, принесенной ему местной знатью на новых присяжных из числа ремесленников, чтобы нескольких важнейших ее представителей заманить в западню и посадить по своим крепким замкам в заточение. За его властвованием последовало несчастное правление Энгельберта Фалькенбургского (1261–1274). Постройка укрепленных замков на Рейне, выше и ниже города, привела к сближению кёльнских патрициев с плебеями, вооружив тех и других против архиепископа, который вынужден был освободить своих пленников из заточения. Патрициат опять приобрел большую силу и привлек на свою сторону многих баронов из окрестностей Кёльна, выдав им грамоты на звание почетных граждан города, а Энгельберт, которому некоторое время пришлось провести в своем городском доме как пленнику, выхлопотал у папы запрещение богослужения, которое и наложил на свой город. Борьба вновь разгорелась в 1267 г. Во время этой борьбы архиепископа с горожанами и их союзником, графом Вильгельмом Юлихским, последний захватил в плен Энгельберта и держал его в заточении с октября 1267-го до весны 1271 г.
Между тем раздоры и партии появились и среди патрициев; Вайзы стали воевать с Оверштольцами, их сторонниками и прислужниками, и Вайзы надеялись одолеть Оверштольцев, но должны были бежать из города, уступив силе могущественных противников. Однако в городе у них остались тайные приверженцы, особенно тянулся к ним один из демагогов, Герман Рыболов. Он подговорил какого-то бедняка, жившего вблизи городских ворот, прокопать под его жилищем потайной ход под стену, за город; и через этот ход Вайзы в ночь на 15 октября 1267 г. с отрядом вооруженных приверженцев проникли в город. Но Оверштольцы успели об этом вовремя узнать и поспешили на место: долго они бились у ворот, одолеваемые более многочисленным врагом, между тем как ремесленные братства стояли неподалеку в сборе, вооруженные. Они еще не знали, на что им решиться, когда один из Оверштольцев явился к ним с места побоища и во имя родного всем им города стал умолять, чтобы они помогли оттеснить врага. Те послушались и помогли отбить нападавших. Затем произошло примирение с пленным архиепископом. При последующем архиепископе, Зигфриде фон Вестенбурге (1274–1297), граждане еще раз выдержали сильнейшую усобицу с ним. Т. к. город был очень недоволен постройкой нового архиепископского замка, который мог значительно повредить их торговле, то горожане в борьбе архиепископа Кёльнского за наследство графов Лимбургских стали на сторону его противников и в союзе с герцогом Брабантским одержали победу над архиепископским войском (1288 г.). За этой победой последовало новое примирение, благодаря которому город наконец добился автономии.
До 1250 г. почти все важнейшие немецкие города уже были налицо, за исключением лишь весьма немногих, построенных позднее по прихоти князей и государей (как, например, Потсдам или Мангейм). В это время замечается уже большой прогресс в городской жизни, хотя, естественно, не все города были в этом отношении равны: так, например, между рейнскими и саксонскими городами наблюдалось гораздо большее различие, нежели в настоящее время.