Вторая Польская война сложилась настолько неудачно для русских, что в течение двух лет Московское государство потеряло все приобретенное им в Первую Польскую войну, кроме Смоленска. В 1661 году вся Литва и большая часть Белоруссии вновь были отвоеваны поляками. Обе воюющие стороны были страшно истощены тяжкой борьбой, но ни та, ни другая не думали уступать, так как и поляки, и русские хотели во что бы то ни стало удержать за собой Малороссию. Война длилась еще пять лет, и, несмотря на всякие невзгоды и страшный недостаток в деньгах, Московское государство все же одержало верх в долгой борьбе за Малороссию. В 1667 году в деревне Андрусове (между Смоленском и Мстиславлем) один из умнейших и образованнейших русских вельмож, боярин Ордин-Нащокин, заключил с Польшей перемирие на 13 1/2 лет на следующих условиях: Московское государство уступило Польше свои завоевания в Литве, но оставляло за собой Смоленск, весь Северский край (северную часть Черниговской губернии) и ту часть Малороссии, которая лежала на левом берегу Днепра. На правой стороне Днепра за Московским государством временно оставался только город Киев. Таким образом, в состав Московского государства начинали потихоньку вновь возвращаться все те области, которые на Западе и Юго-Западе составляли некогда территорию Древней Руси и захвачены были Литвой в тяжкий период татарщины.
В последние годы царствования царя Алексея Михайловича государство было потрясено еще одной страшной смутой на восточной окраине. Здесь московскому правительству пришлось вести трудную и продолжительную борьбу с казачеством и той вольницей, которая со всей Русской земли собиралась и селилась в низовьях Дона и Волги, куда издавна уходили все недовольные суровыми условиями русской городской жизни XVII века или не желавшие подчиняться власти помещиков после того, как переход крестьян был воспрещен. У всей этой вольницы появился (в 1667 г.) удалой предводитель, атаман Стенька Разин, человек грубый, жестокий, но отчаянно храбрый. Восстание, сопровождавшееся страшными жестокостями, распространилось по всему Поволжью, до Казани и Нижнего Новгорода. К мятежным скопищам Разина пристали толпы приволжских племен: мордва, черемисы, чуваши и татары… И только четыре года спустя мятеж этот удалось подавить самыми суровыми мерами после того, как сам Разин был пойман и казнен в Москве (1671 г.).
Вскоре после того царь Алексей Михайлович скончался (29 мая 1676 г.), оставив после себя большую семью от двух браков. От первого – двоих болезненных сыновей, царевичей Федора и Иоанна, и несколько дочерей. От второго брака – сына Петра (род. 30 мая 1672 г.), которому в год смерти отца было четыре года от роду.
На престол по смерти Алексея вступил Федор III Алексеевич и царствовал очень недолго (всего 6 лет). Его царствование ознаменовалось только войной с Турцией за обладание Западной Украиной (на правом берегу Днепра), которую Польша уступила турецкому султану, и еще – уничтожением «местнических счетов», которые были большим препятствием к введению в русском войске разумной и строгой дисциплины. Очень часто случалось, что храброе и мужественное русское войско терпело неудачи только потому, что в военное время на глазах у неприятеля между начальниками происходили ссоры и споры из-за старшинства и знатности их родов, и при этом более родовитые отказывались подчиняться менее родовитым (т. е. местничались с ними). По этому поводу 12 января 1682 года царь созвал Земский Собор и передал вопрос о местничестве на его рассмотрение. Большинство участников Собора высказалось в пользу окончательного уничтожения «местничества». Книги, по которым родовитые люди «местничались» (разрядные), были по приказанию царя снесены во дворец и сожжены в печи, а «местнические счеты» воспрещены под страхом смертной казни.
Несколько месяцев спустя после уничтожения местничества царь Федор Алексеевич скончался (в 1682 г.) бездетным, и вопрос о престолонаследии остался открытым.
Иоанн, старший после царя Федора, сын царя Алексея (от первого брака), был юноша болезненный, хилый и слабоумный. Передача ему престола представлялась делом невозможным. В отличие от него, десятилетний царевич Петр (сын царя Алексея Михайловича от второго брака) был крепок здоровьем, обладал быстрым умом и способностями не по летам. После долгих совещаний патриарх и бояре решили, что на престол следует возвести царевича Петра Алексеевича, и этот выбор был единогласно одобрен людьми всех сословий, собранными по приказанию патриарха на площадь.