Ослабевшая Джунгария, потерявшая часть Восточной Монголии и теснимая с юго-востока Маньчжурским государством, а с юга – казахами, не могла в это время оказать киргизским князцам действенную помощь. Это было важно для России, которая не хотела войны ни с Джунгарией, ни с ее главным врагом – Цинским Китаем, будучи традиционно заинтересованной в добрососедских, в первую очередь торгово-экономических, связях с обеими странами. Мало того, хунтайджи Цеван-Рабдан (как и его предшественник Галдан) стремился к сохранению мирных отношений с Россией, так как настойчиво искал у нее военной помощи против растущей агрессии Цинской империи. Правда, центральное правительство в 90-е гг. XVII в. не смогло заставить воевод Средней Сибири действовать согласованно. Именной указ от 1697 г. о строительстве острога на Абакане, о чем просили еще в 1690 г. жители Красноярского уезда, остался невыполненным. Только к началу 1701 г. воеводы Томска, Кузнецка и Красноярска согласовали свои действия. В результате ответных походов на Абакан объединенных томских, красноярских и кузнецких отрядов во главе с красноярским сыном боярским К. Самсоновым (всего 728 служилых) и томским сыном боярским С. Лавровым (515 чел.) были разгромлены основные силы киргизских княжеств.
В 1701 г. Джунгария признала русско-монгольский договор 1663–1665 гг. о сферах влияния на Верхнем Енисее. На территории современной Хакасии вновь официально установилась система двоеданства.
Время, однако, показало, что киргизская знать не собирались выполнять торжественно принятые обязательства, особенно в отношении выплаты ясака. Не прекращались мелкие набеги на ближние русские селения и «землицы» данников России. Вместе с тем не только хунтайджи, но и джунгарские зайсаны стали понимать безнадежность вооруженной борьбы с Россией. Джунгария в это время продолжала вести тяжелую борьбу с Цинским Китаем, с казахами и тяньшанскими киргизами. В этих условиях хунтайджи с некоторыми киргизскими князцами решает временно отказаться от борьбы с Россией за верховья Енисея, по-прежнему рассчитывая опереться на нее в борьбе с главным врагом – маньчжурской династией. Своеобразным выражением этого отказа была попытка в 1703 г. переселить енисейских киргизов во внутренние районы Джунгарии. «И приехали до 2500 калмыков в Киргизскую землицу, и киргиз де к себе загнали всех», – сообщали оставшиеся. Однако уведены были далеко не все, но с этого времени русские не встречали на своем пути организованного вооруженного сопротивления местных племен.
Увода избежала почти половина жителей юга Средней Сибири: часть киргизов и их улусных людей, кочевавших по Среднему Абакану, 300 луков тубинцев, койбалов и моторов и их многочисленные киштымы, 300 ясачных кузнецких бельтир, сагайцев, живших в верховьях Абакана, обитатели почти 700 урянхайских (саянских) кибиток. Князья основных землиц находились в сговоре с хунтайджи, и их улусы «откочевали», а «князцов» прочих улусов и их киштымов «взяли к контайше», то есть увели насильно. На территории Красноярского уезда многие левобережные киргизы ушли или были уведены князьями, а основная масса их киштымов, особенно на правобережье Енисея, осталась на месте.
После увода части енисейских киргизов у местного населения Минусинской котловины значительно усилились прорусские симпатии. «Остальцы» стали переходить в российское подданство. Противодействие некоторых оставшихся «князцов» было сломлено в 1704–1705 гг. походами томских, кузнецких и красноярских казаков. «Возвращенцы» уже только с Россией связывали свои надежды жить на родине и заниматься мирным трудом. Поэтому они и трудовое коренное население вновь обратились к русским властям с просьбой построить на их земле острог, «чтоб им жить под великого государя державой безопасно».
Правительство Петра I, осведомленное о событиях в Присаянье, требует от местных воевод выполнения указа 1697 г. об основании острога на Абакане. Воевод обязывали выделить 1000 чел. служилых людей с «огненными, полковыми и железными припасами к городовому строению» (400 служилых из Томска, 300 – из Красноярска, 200 – из Енисейска и 100 – из Кузнецка).
Макет Абаканского острога
Хакасский национальный краеведческий музей имени Л. Р. Кызласова
Для «того острожного строения, надсмотру над служилыми людьми и пашенными крестьянами» повелевалось послать из Сибирского приказа особый «наказ», в котором предписывалось «на р. Абакан в пристойных местах, где б от внезапного неприятельского приходу было безопасно и к селению крестьян, осмотря пригородные и хлебородные места в близости к лесам и ко всяким местам… поставить острог».
Сборными пунктами для служилых людей были Томск и Красноярск.