Пока Маквей находился на крыле мостика, вахтенный старшина Эдвард Кейс пытался наладить систему внутрикорабельной связи, но безуспешно. Кейс доложил Орру, что связь не работает, и тот приказал ему идти в машину и передать приказ остановить корабль.
В 00:10, через пять минут после попадания двух торпед, «Индианаполис» имел крен 12° на правый борт.
К этому времени капитан 1 ранга Маквей, наскоро одевшись, снова появился на мостике. Хотя крен корабля был еще сравнительно небольшим, появившийся на мостике тяжело дышавший капитан 3 ранга Мур доложил командиру, что крейсер тяжело поврежден и быстро погружается. Мур успел проверить все носовые отсеки и убедился, что они стремительно затопляются водой. Он посоветовал командиру дать приказ оставить корабль.
Однако, капитан 1 ранга Маквей не был уверен в правоте Мура.
Доклад командира дивизиона борьбы за живучесть показался ему невероятным. Маквей не мог поверить, что корабль тонет. Маквей видел, что крен крейсера незначительный, а с мостика вообще не видно никаких повреждений. Повреждения, полученные крейсером у Окинавы, казались Маквею более тяжелыми. Но тогда с ними удалось справиться, и командир был уверен, что так же будет и на этот раз. Он знал, что нельзя опаздывать с приказом «оставить корабль», но и не хотел отдавать этот приказ слишком рано. Он приказал Муру идти вниз и все проверить заново. Капитан 3 ранга Мур ушел вниз и больше не вернулся.
Маквей спросил лейтенанта Орра, передала ли радиорубка сигнал бедствия? Тот ответил, что не знает. В 00:12 командир послал матроса в задымленную штурманскую рубку, чтобы тот прочел там показания кренометра. Матрос вернулся с ошеломляющей новостью: крен крейсера уже достиг 18°, увеличившись на шесть градусов за две минуты!
Через восемь минут после того, как «Индианаполис» получил торпедные попадания, через три минуты после того, как капитан 3 ранга Мур покинул мостик, и через минуту после того, как было считано последнее показание кренометра, на мостике появился старший офицер крейсера капитан 2 ранга Джозеф Флинн. Он доложил Маквею, что корабль получил тяжелые повреждения и принимает воду в огромном количестве. «Я думаю, что с нами покончено, — сказал старший офицер, и рекомендую дать приказ „оставить корабль“».
Командир был ошеломлен. Какой же силы должен быть взрыв, чтобы за восемь минут пустить на дно такой громадный корабль?
Но, повернувшись к Флинну, Маквей приказал: «Хорошо, дайте команду оставить корабль!»
Услышав это, лейтенант Орр приказал рассыльному пойти в кормовую часть мостика и взять там два спасательных жилета для них обоих. Когда рассыльный вернулся, Орр приказал ему спасаться.
В этот момент на мостике появился старшина Кейс и доложил командиру, что он передал по нижним помещениям крейсера команду: «Все наверх!». Кейс добавил, что пробиться в нос от миделя было невозможно из-за пожара.
В 00:14 на мостике появился штурман «Индианаполиса» капитан 2 ранга Дженни, сообщивший командиру, что практически сразу же после попадания торпед с крейсера передали сигнал бедствия с указанием точного места корабля и призывом о немедленной помощи.
Затем Маквей вышел на крыло мостика и крикнул морякам, сгрудившимся у лееров левого борта, чтобы они спасались. Сложив руки рупором, капитан 2 ранга Флинн прокричал ту же команду. Многие матросы, не ожидая команды, бросились в воду сразу после взрыва. А поскольку крейсер так и не остановился, их головы прыгали на волнах уже примерно в миле за кормой.
На шканцах крейсера распоряжался раненый капитан 3 ранга Липски, старший артиллерист «Индианаполиса». С ним неожиданно столкнулся старшина комендоров Хоннер, который позднее вспоминал, что «Липски, который очень сильно обгорел, передал ему записку для своей жены. Он считал, что ему уже не спастись, а поскольку я не был ранен, он полагал, что мне это удастся».
Убедившись, что все матросы одели спасательные жилеты, Липски, по своей собственной инициативе, дал приказ оставить корабль. Через несколько секунд на палубе появился капитан 2 ранга Флинн, скомандовав: «Быстро за борт, ребята!»
Капитан 3 ранга Джозеф Рейд распоряжался на корме, где сгрудились сотни перепуганных молодых матросов. Они толпами бросались за борт. Рейд тщетно пытался навести хоть какой-нибудь порядок. В темноте не было видно, что увеличивающийся крен на правый борт обнажил еще работавшие правые винты. Прыгающие с кормы матросы попадали в них, как в ножи огромной мясорубки, которая крошила их на куски.
Через несколько минут после отдачи приказа «Оставить корабль!» капитан 1 ранга Маквей также решил, что настала пора спасаться и ему самому. Штурман Дженни, которому командир приказал проверить, успела ли радиостанция крейсера передать в эфир сигнал бедствия, на мостик не возвращался. Командир решил проверить это лично. Кроме того, он хотел сам убедиться в том, что крейсер получил смертельные повреждения.