На этой стадии, намерения Лютера по академической реформе превратились в намерения реформировать Церковь и общество. Областью деятельности Лютера уже не был университетский мир идей; он оказался в положении лидера религиозного, социального и политического реформационного движения, которое казалось некоторым современникам путем к новому социальному и религиозному порядку в Европе. Фактически, программа реформ Лютера была гораздо более консервативна, чем программы его реформатских коллег, таких как Ульрих Цвингли. Кроме того, ей сопутствовал значительно меньший успех чем ожидалось. Движение осталось привязанным к немецким территориям и, не считая Скандинавии, так и не добилось признания в зарубежных землях, которые казались уже созревшими яблоками, готовыми упасть к его ногам. Лютеровское понимание роли "благочестивого князя" (что обеспечивало власть монарха над Церковью), похоже, не получило ожидаемого признания, особенно в свете республиканских настроений таких реформатских мыслителей как Кальвин. Англия оказывается в этом отношении особенно показательной: здесь, как и в Нидерландах, протестантское богословие явилось продолжателем реформатских, а не лютеранских идей.
Кальвинистская Реформация
Истоки кальвинистской Реформации, которая породила реформатские церкви (например пресвитериан) лежат в Швейцарской федерации. В то время как лютеранская Реформация возникла в академической обстановке, реформатская церковь обязана своим происхождением ряду попыток реформировать нравственный облик и богослужение церкви (но не обязательно ее учение) в соответствии с библейской моделью. Следует подчеркнуть, что, хотя именно Кальвин придал этому типу Реформации его характерный стиль, его истоки следует искать у более ранних реформаторов, таких как Ульрих Цвингли и Генрих Буллингер из города Цюриха.
Хотя большинство ранних реформатских богословов, таких как Цвингли, происходило из академической среды, их реформационная деятельность не была академической по своей природе. Она была обращена к церкви в том виде, в каком она существовала в таких швейцарских городах как Цюрих, Берн и Базель. В то время как Лютер был убежден, что доктрина оправдания имела центральное значение для его программы социальных и религиозных реформ, ранние реформатские мыслители проявляли относительно мало интереса к доктринам вообще, не говоря уже о какой‑либо одной доктрине. Их реформационная деятельность носила организационный, социальный и этический характер, во многом сходной с требованиями реформ, которые доносились из гуманистических кругов.
Обычно считается, что консолидация реформатской церкви началась со стабилизацией цюрихской Реформации после смерти Цвингли в битве (1531 г.) при его преемнике Генрихе Буллингере, и закончилась в период деятельности Жана Кальвина в Женеве в 1550–е гг. Постепеннее смещение центра реформатской церкви (вначале из Цюриха в Берн, а затем из Берна в Женеву) произошло в течение 1520–1560–х гг., и, в конце концов, утвердило преобладание в реформатской церкви города Женевы, его политической системы (республика) и религиозных мыслителей (Жана Кальвина, а после его смерти Теодора Безы). Данная тенденция закрепилась благодаря учреждению Женевской академии (основана в 1559 г.), которая начала подготовку реформатских пасторов и служителей.
Термин "кальвинизм" часто употребляется по отношению к религиозным идеям реформатской церкви. Хотя такая практика все еще достаточно распространена в литературе о Реформации, становится все более очевидным, что реформатское богословие конца XVI в. основывается на источниках, отличающихся от идей самого Кальвина. Обозначение реформатской мысли конца XVI‑XVII вв. термином "кальвинизм" предполагает, что она отождествляется с мыслями Кальвина, однако в настоящее время общепризнанно, что идеи Кальвина незаметно изменены его преемниками. Сейчас ученые предпочитают использовать термин "реформатский", как по отношению к церквам (в основном в Швейцарии, Нидерландах и Германии), так и к религиозным мыслителям (таким как Теодор Беза, Вильям Перкинс и Джон Оуэн), которые основывались на знаменитом учебнике Кальвина "Наставление в христианской вере" или на церковных документах (например знаменитом Гейдельбергском катехизисе), также связанных с ним.
Из трех составных частей протестантской Реформации — лютеранства, реформатства, или кальвинизма, и анабаптизма — именно реформатское крыло имеет особое значение для англоязычного мира. Пуританство, которое столь явственно фигурировало в английской истории XVII в. и имело такое основополагающее значение для религиозных и политических взглядов Новой Англии в XVII в. и далее, представляет собой особую форму реформатского христианства. Для того, чтобы понять религиозную и политическую историю Новой Англии и мысли таких авторов, как Джонатан Эдвардс, необходимо освоить хотя бы некоторые богословские взгляды и часть религиозного мировоззрения пуританства, лежащие в основе их социальных и политических настроений.