Вот как писал о нем известный летчик, Герой Советского Союза, генерал-полковник авиации Михаил Михайлович Громов: «Алкснис всегда был в курсе всех более или менее значительных событий в авиации, глубоко вникал в вопросы подготовки кадров, в учения и маневры, в испытания самолетов… Стиль его работы можно определить так: целеустремленность, инициатива, глубина, страстность, творчество. Со всем пылом и настойчивостью он добивался, чтобы советские авиаторы летали выше, дальше и быстрее всех. А как ненавидел Алкснис подхалимство, бахвальство и верхоглядство. Яков Иванович был резок, требователен и чуток. Именно он направил Чкалова по правильному пути.
Валерий Чкалов обучался стрельбе и бомбометанию в группе, которой руководил я. Он был храбр и бесстрашен, в нем бурлила энергия, переливавшаяся порой через край. Заурядные полеты его не удовлетворяли, обычных заданий он не терпел. Отсюда и недисциплинированность… Однажды на аэродроме мы с Юмашевым подошли к Алкснису и высказали ему свои соображения: надо бы дать Чкалову серьезное и, главное, трудное дело, которое требует не только безудержной храбрости, но и серьезного, вдумчивого отношения, намекнув на работу испытателя. И Яков Иванович прислушался к нашему голосу, правильно оценил возможности Чкалова. Через несколько дней после этого разговора был издан соответствующий приказ, и… Чкалов стал Чкаловым…»
Перед тем, как Алксниса назначили членом Специального присутствия Верховного суда СССР, с ним долго говорили, убеждая, что судить придется агентов немецкой разведки, что у Сталина находятся полученные из-за границы подлинные документы, уличающие заговорщиков. И Алкснис поверил. Мог ли он высказать сомнение в достоверности слышанного, связанного с именем Сталина? На суде он проявил активность. Она зафиксирована в стенограмме протокола заседания. Обращаясь к Корку, Алкснис спросил:
— Вы сказали, что неоднократно встречались на дипломатических приемах с Кестрингом, причем сообщили ему ряд сведений. Вы тут говорите «мы». Кто это — «мы»?
Корк: «Мы — это Тухачевский, Якир, Эйдеман. Я тоже принимал участие в разговорах с немцами».
Алкснис: «Значит, вы, Корк, сообщили германскому военному атташе Кестрингу в устной форме о состоянии войск Московского военного округа?»
Корк: «Да. Но вместе с тем должен добавить, что я имел право давать сведения Кестрингу, которые было разрешено дать, с ведома Тухачевского».
Алкснис: «Нас сейчас не интересует, с ведома или без ведома Тухачевского вы передали сведения. Нас интересует — передали?»
Корк: «Да».
Алкснис: «Значит, вы лично участвовали в шпионаже?»
«На этот вопрос Корк ничего не ответил», — отметил в стенограмме секретарь суда.
Старание Алксниса на суде не спасло его от возмездия, как не спасла его заслуга в отборе лучших летчиков для посылки в Испанию. Некоторые из них там и погибли, другие же возвратились героями. Однако многих из них объявят «врагами народа», вспомнив, что они были связаны с Алкснисом.
Прежде чем арестовать Алксниса, Ежов доложил Сталину:
— Органами НКВД раскрыта еще одна тщательно законспирированная контрреволюционная организация «Русская фашистская партия». Она состоит из авиаспециалистов, во главе ее Алкснис, его заместитель — генерал-лейтенант авиации Агальцов, авиаконструктор Туполев.
Последнее имя вызвало у генсека настороженное сомнение. Заслуги Туполева были известны всему миру. На сконструированных им самолетах были осуществлены знаменитые перелеты, последний его бомбардировщик считался одним из лучших в мире. Однако страдающий болезненной подозрительностью, Сталин распорядился Туполева не судить, но отправить в тюрьму, чтобы он там продолжил свою работу. И его посадили. Авиаконструктор пробыл в заключении около четырех лет, точнее — 1367 дней.
А у Алксниса последним рабочим днем стало 23 ноября 1937 года. Вспоминая тот день, его жена Кристина Карловна писала: «Яков Иванович, как всегда, рано ушел на работу. Я проводила сына в школу и отправилась в институт. Был теплый зимний день. Когда я вернулась с работы, муж позвонил и сказал, что он задержится, и вечером ему нужно идти на прием в посольство. Он просил приготовить выходной костюм. Яков пришел домой около 10 часов вечера в хорошем настроении. Быстро переоделся, шутил, смеялся. Так как он спешил, а мы жили на восьмом этаже, я вызвала лифт. Яков вошел в лифт, улыбаясь, помахал мне рукой — и больше я его не видела…»
А ночью к подъезду дома подкатили два автомобиля — «черные вороны». Прибывшие выложили на стол бумажку — ордер. В нем значилось: «Выдан уполномоченному НКВД на право ареста и производство обыска». Две подписи: Ежова и Вышинского. С гимнастерки командарма сорвали орден Ленина, два ордена Красного Знамени.
— За что? Что произошло? — спрашивала их перепуганная жена. — Где муж, Алкснис?
— Там, где должен быть! — отвечали ей.
Во все глаза смотрел ничего не понимающий десятилетний сын.
Непонятен был арест и для Якова Ивановича.
— За что? — спрашивал он следователя.
— А вот, познакомьтесь и внизу распишитесь.