В 1917 году, после Октябрьской революции он, командуя 5-м латышским Земгальским стрелковым полком, перешел вместе с полком на сторону советской власти. В бывшей царской ставке, в Могилеве, появился советский главковерх Крыленко. Но он — всего лишь прапорщик, ему позарез нужен человек, глубоко знающий военное дело, преданный делу революции, на которого он мог бы опереться в решении непростых дел.
— А Вацетис, — подсказали ему — это тот, который ныне необходим.
И сорокачетырехлетний полковник возглавил бывшую царскую ставку, став начальником оперативного отдела полевого штаба. Но пришлось не только планировать по карте операции красных отрядов, но и писать боевые документы. На ставку вдруг двинулись вражеские силы: три пехотные дивизии и бригада улан.
И главковерх Крыленко вызывает Вацетиса:
— Отныне вы командуете всеми силами Республики. Стягивайте к Могилеву преданные революции полки и отряды. И никакого промедления!
И Вацетис справился с чрезвычайным заданием. Белогвардейский мятеж ликвидировали.
Потом Вацетис возглавил латышскую дивизию столичного гарнизона.
В это тревожное время Вацетису поручили транспортировку трех железнодорожных эшелонов из Москвы в Казань. Это была нелегкая и ответственная задача сохранения всех запасов российского золота. Когда эшелоны достигли волжских берегов, там вспыхнул мятеж белогвардейщины и пленных чехов, едущих во Владивосток.
— Вацетису быть командующим Восточным фронтом! — последовал приказ из Москвы.
И он вступил в командование фронтом, подчинив отряды Фрунзе, Тухачевского, Гая, Чапаева, Каширина, Блюхера. Из отдельных отрядов был фактически создан фронт. Была проделана большая работа по преобразованию отрядов в регулярные части и соединения. Под руководством Вацетиса войска фронта добились первых успехов в боевых действиях по подавлению мятежа Чехословацкого корпуса.
А 6 сентября 1918 года его назначили главнокомандующим Вооруженными Силами Республики. Он принимал активное участие в формировании фронтов, ликвидации в частях и соединениях партизанщины и создании регулярной Красной Армии.
С августа 1919 года и до конца гражданской войны Вацетис работал в Реввоенсовете Республики.
С 1921 года Вацетис переключается на преподавательскую работу в Военной академии РККА (академии им. М. В. Фрунзе). Начал там с должности преподавателя истории военного искусства, затем, став профессором, возглавил руководство кафедрой истории войн.
За заслуги он был награжден орденами Красного Знамени и Красной Звезды.
Когда Вацетис предстал перед пресловутой «тройкой» суда, он, выслушав обвинение, спросил:
— За что меня судят? Что, не жалея себя, честно выполнял свой воинский долг в интересах Республики?
— Вопросы вам задавать не положено, — отвечал председательствующий. — Вы должны ответить, признаете ли вы вину?
— Конечно, нет, нет и еще раз нет…
Его расстреляли 28 июля 1938 года.
Ниже приводится с небольшими сокращениями одна из журнальных статей Вацетиса, опубликованная в 1927 году.
Около 4 час. дня левыми эсерами был убит германский посол граф Мирбах. Затем заранее сосредоточенные левыми эсерами в Трехсвятительском переулке вооруженные части заняли помещение ВЧК, арестовали и заперли в погребе Дзержинского, его помощника Лациса и председателя Московского Совета Смидовича. Только в этот момент выяснилась серьезность создавшегося положения.
Во главе восстания оказались эсеры Александрович и Прошьян. Первый состоял помощником председателя ВЧК, а второй — членом Высшей военной коллегии.
Из Трехсвятительского переулка, где в особняке Морозова поместился штаб повстанцев и левоэсеровское «правительство», части мятежников стали продвигаться к Кремлю, захватывая близлежащие улицы и площади.
Наш автомобиль поминутно останавливали на улице вооруженные патрули, разъезжавшие на вооруженных грузовиках и проверявшие удостоверения личности. При одной такой остановке я узнал, что ищут автомобиль, на котором скрылись убийцы германского посла графа Мирбаха.
Наш автомобиль остановился у подъезда того флигеля, в котором ныне находится Высший военный трибунал.
Без пропуска и без исполнения прочих строгих формальностей меня привели в боковую комнату, в которой находились Подвойский и комвойск округа. У стены, подальше от окна, стоял массивный деревянный стол, на котором был разложен план гор. Москвы и ее окрестностей.
Я спросил Подвойского, с которым был знаком, в чем дело. На мой вопрос ответил с удивлением комвойск: