По свидетельству партбюро 8-го стрелкового полка Иван Иванович все время «работал в парторганизации как один из активнейших и честных коммунистов». Поэтому в августе 1937 года полковая парторганизация ходатайствовала о снятии с него взыскания, «так как И. И. Блажевич в своей практической работе доказал преданность партии и ее ЦК. Товарищ Блажевич вполне благонадежный и достойный командир РККА». При обмене партийных документов взыскание было снято. Казалось бы, Иван Иванович мог вздохнуть спокойно… Однако буквально через несколько недель на него обрушился новый удар. Осенью 1937 года Блажевич был вызван на заседание партийной комиссии и вновь исключен из партии за выступление 1935 г., за которое он уже понес наказание. На этот раз к прежнему обвинению было добавлено: «…И за то, что не вел активной борьбы с троцкистами в полковой организации».
При служебной аттестации за 1937 год начальник политотдела дивизии не согласился с мнением командира полка: «…Должности начальника штаба полка вполне соответствует и заслуживает очередного продвижения по службе, достойный кандидат на курсы «Выстрел»» и заключением командира дивизии: «Оставить в занимаемой должности начальника штаба полка». Мотивируя отказ утвердить аттестацию, начальник политотдела писал: «Блажевич в октябре 1937 г. дивизионной парткомиссией 3-й дивизии исключен из партии… Если решение будет утверждено окружной партийной комиссией, то Блажевич оставаться в армии не сможет».
Таким образом, сбылась горькая пословица: «Беда никогда не приходит одна». Над несправедливо исключенным из партии коммунистом нависла угроза увольнения из армии, без которой он не мыслил своего существования.
И вновь на защиту Блажевича встала парторганизация 8-го стрелкового полка. Она ходатайствовала не только об оставлении его на прежнем посту, но и о повышении в должности и награждении медалью «XX лет РККА».
В политической характеристике полковое партийное бюро отмечало: «Осенью 1937 г. дивизионная партийная комиссия… несмотря на положительные отзыва парторганизации, вновь пересмотрела вопрос о Блажевиче и исключила его из партии… Несмотря на явно несправедливый к нему подход и по существу издевательство, тов. Блажевич все это время продолжает быть активным и добросовестным работником, вполне заслуживает полного доверия».
Но все же клевета сделала свое дело. 30 июня 1938 года последовал приказ наркома обороны об увольнении Блажевича в запас. 19 июля, еще до того, как распоряжение об этом поступило в полк, Иван Иванович был арестован органами НКВД как «враг народа».
А. И. Блажевич рассказывал: «Утром 19 июля отец, как всегда, ушел на службу. Днем на квартиру пришел лейтенант, принес его плащ и сообщил, что отец арестован. «Не беспокойтесь, это недоразумение», — сказал он, прощаясь. Вечером был обыск, все перевернули вверх дном. Нашу семью немедленно выселили из дома начсостава на окраину города».
С июля 1938 по апрель 1939 года по делу Блажевича велось следствие. О том, какие при этом применялись меры воздействия на заключенного, красноречиво свидетельствует такой факт. Когда было разрешено свидание с родственниками, Блажевича не узнал собственный сын: «Отец, не имевший ни одного белого волоска, весь поседел».
Помимо обычного в те времена обвинения «в связях с врагами народа» (в 1937–1938 годах несколько раз сменялось и арестовывалось руководство полка и дивизии), Блажевичу инкриминировалось то, что он в 1935 году во время выступления на рабочем собрании в Феодосии якобы пытался защищать Каменева и Зиновьева, чем вызвал возмущение присутствующих; в 1937 году после ареста Тухачевского, Якира и других военачальников публично высказывал сомнение в их виновности; в 1938 году возражал против введения в армии института комиссаров; оскорблял политработников полка.
Блажевич категорически отвергал все обвинения в контрреволюционной деятельности, отказывался подписывать фальсифицированные протоколы допросов, опровергал на очных ставках ложные измышления и доказывал, что он всю свою жизнь был честным, преданным делу партии, коммунистом. Так же он держался и на заседании военного трибунала Харьковского военного округа, состоявшемся в апреле 1939 года.
Поскольку аргументы обвинения были весьма шаткими, а Блажевич категорически отказывался признать свою вину, суд вынес довольно умеренный, по тем временам, приговор. Блажевич был подведен под действие статьи 581, часть первая и осужден на 4 года заключения с лишением воинского звания.
Находясь после суда в Симферопольской тюрьме, Иван Иванович через одного из солдат охраны, ранее служившего под его начальством, передал на волю друзьям письмо, в котором рассказывал о своем положении. С помощью опытного адвоката были составлены прошения в Главную военную прокуратуру и Военную коллегию Верховного суда СССР. В этих жалобах опровергались аргументы обвинения и разоблачались нарушения законности в ходе следствия и суда.