Но злоключения разведчика на этом не прекратились. Сталин начал свою антисемитскую кампанию делом еврейского антифашистского комитета, потом последовало дело врачей-вредителей и, наконец, разоблачение «сионистского заговора в МГБ». Министр государственной безопасности Виктор Абакумов в 1951 году был снят со своего поста, арестован и обвинен в организации «сионистского заговора в МГБ». Через полгода арестовали и Маклярского. Он оказался очень удобной фигурой для обвинения в сионистском заговоре. Припомнили его гэбистское прошлое, связали его литературную деятельность с еврейским антифашистским комитетом, «назначили» ближайшим сподвижником Абакумова. Парадокс состоял в том, что именно из-за неприязни к нему Абакумова Маклярский был уволен после войны из органов. Кроме того, министр госбезопасности не простил Михаилу Борисовичу то, что фильм «Подвиг разведчика» вышел на экраны страны, несмотря на возражения главного советского гэбиста.
Под пытками Маклярский дал нужные показания. В частности, оговорил своего близкого знакомого Льва Шейнина. Лев Шейнин был очень заметной фигурой в довоенной Советской прокуратуре. Автор популярных тогда «Записок следователя» Лев Шейнин совместно с недоброй памяти Вышинским, Генеральным Прокурором СССР, составлял обвинительное заключение по делу о покушении на С. М. Кирова в 1934 году. На следующий год он подписывает приговор Каменеву, Зиновьеву и еще семнадцати их сторонникам. Начальник следственного отдела Прокуратуры СССР был арестован, на недолгое время оказался в лагерях, но быстро был отправлен в Москву, где и был освобожден. Затем у него оказалась масса свободного времени для успешного писательского труда. В 1951 году он также оказался в числе арестованных по делу Абакумова. Он, впрочем, не отстал от своего коллеги, следователи выбили из него компрометирующие Маклярского показания. Друзей оправдывает только то, что в подвалах Лубянки за редким исключением все давали «признательные» показания. К их чести нужно отнести то, что после своего освобождения, последовавшего после смерти «вождя» в 1953 году, они продолжали поддерживать дружеские отношения и простили друг другу оговоры. В 1957 году они даже стали соавторами сценария вышедшего в 1957 году на экраны фильма «Ночной патруль».
После освобождения Маклярский продолжил свое литературное творчество и вступил в члены ДСК «Советский писатель» в Красной Пахре. Заработанных средств ему вполне хватило на постройку большой дачи. В 1958–1959 годах он даже был председателем Правления кооператива.
В 1961 году он продал свою дачу все тому же Льву Романовичу Шейнину.
Неподалеку от него жили Николай Эрдман и Владимир Масс, авторы сценария фильма «Веселые ребята». В 1933 году они были вместе арестованы, их фамилии были сняты из титров знаменитой кинокартины. Только в 1941 году на имя директора МХАТ Ивана Москвина (театр был эвакуирован в Саратов, где с ним сотрудничал Эрдман) пришло письмо, подписанное Берией, с предложением Эрдману стать автором сценариев концертов ансамбля песни и пляски НКВД. По этому письму Эрдмана отправили в Москву, где он стал автором сценариев ко многим популярным фильмам и мультфильмам, успешно работал с театром на Таганке. Война помогла выйти на свободу и другу и соавтору Эрдмана Владимиру Массу. В 1942–1943 годах он руководил фронтовым театром Московского военного округа, затем вместе со своим соавтором Михаилом Червинским написал множество замечательных пьес и сценариев к фильмам. Такие противоположности, как Шейнин с одной стороны, Эрдман и Масс с другой стороны, могли существовать в одном поселке.