Одна из систем, которой при проектировании «Клипера» уделяется особое внимание, – система аварийного спасения (САС) экипажа. Она имеет нетрадиционное для российских КК расположение – позади корабля, на коническом переходном отсеке. САС состоит из восьми РДТТ и выполняет две задачи. При аварийном прекращении полета на этапе старта одновременно задействуются все восемь двигателей, обеспечивая увод корабля на безопасное расстояние от терпящей аварию ракеты-носителя. Для управления на этом участке возможно применение складываемых решетчатых крыльев. При штатной программе выведения двигатели САС используются для довыведения корабля на орбиту путем многократного включения нескольких групп РДТТ после отделения второй ступени РН.
Важнейшая проблема, которую необходимо решить в процессе разработке «Клипера», связана с обеспечением тепловой защиты его конструкции на этапе возвращения. При вхождении в атмосферу носовая часть корабля подвергается нагреву до температуры около 2000°. Воздействию таких температур сегодня подвергаются при возвращении на Землю спускаемые аппараты КК «Союз», поэтому для теплозащиты передней части «Клипера» применяется тепловой экран из того же материала, из которого изготавливается лобовой щит «Союза». Температурное воздействие на остальную часть «Клипера» значительно ниже и составляет около 1200°. Поэтому здесь может применяться опробованная на «Буране» плиточная технология теплозащиты из многоразовых плиток размером 60х60 см.
Несколько подробнее о системе посадки варианта «Клипера» с несущим корпусом. Проектом предусмотрены парашютная система для гашения вертикальной скорости, посадочное устройство для гашения вертикальной и горизонтальной составляющей скорости парашютирования, кресла экипажа, обеспечивающие размещение и фиксирование экипажа в оптимальных положениях по отношению к внешним нагрузкам. Парашютная система разработана при участии НИИ парашютостроения и включает в себя один блок вытяжных парашютов, один тормозной парашют и трехкупольный блок основных парашютов. При работе парашютной системы допускается отказ двух основных парашютов.
Посадочное устройство конструктивно состоит из вертикальной тормозной двигательной установки (ВТДУ) в количестве 13 двигателей в средней нижней части ВА, горизонтальной тормозной двигательной установки (ГТДУ) в количестве 10 двигателей в хвостовой части ВА, двух надувных амортизаторов с системой наддува, расположенных по бокам от продольной оси ВА, и двух стояночных опор внутри воздушных амортизаторов.
По штатной циклограмме посадки, на высоте 3500 м осуществляется сброс люка посадочного устройства, наддув амортизаторов и наполнение основных парашютов. При снижении до высоты 300 м осуществляется ориентирование ВА в направлении ветрового сноса и стабилизация в этом положении. На высоте 2 м по данным гамма-лучевого высотомера срабатывают ВТДУ и ГТДУ, уменьшающие вертикальную и горизонтальную составляющие скорости до безопасных величин по опрокидыванию ВА при работе воздушных амортизаторов. Остаточная скорость парируется надувным амортизатором.
При расчете посадочных траекторий было выявлено, что максимально реализуемый посредством управления углом крена боковой маневр «Клипера» с несущим корпусом может составлять до 500 км при штатных перегрузках 2,5 и максимальных перегрузках при нештатных ситуациях до 5. Посадку предполагается осуществлять в заранее выбранные районы, причем посадка на сушу на любом витке возможна при 80% вариации долгот восходящего узла. Максимальное отклонение от намеченной точки приземления может составить 10-15 км в зависимости от погодных условий.
Применение крылатой схемы позволяет снизить максимальные перегрузки на спуске с орбиты до 2,5 и обеспечивать возможность бокового маневра в атмосфере до 2000 км. При этом посадка будет производиться на специально подготовленные аэродромы и станет возможной на любом витке корабля.
РН «Зенит-28ЬБ» представляет собой модификацию двухступенчатой РН «Зенит-2» с рядом усовершенствований, заимствуемых от РН «Зенит-38Ь», которая используется в системе «Морской старт». Разрабатываемая украинским КБ «Южное» для системы «Наземный старт», РН «Зенит-28ЬБ» позволит выводить с Байконура на низкие круговые орбиты полезные нагрузки массой до 13 т. Однако запуск пилотируемого корабля может потребовать изменения программы вывода на орбиту с целью снижения максимальных перегрузок.