В 1993 г. «эстонский» и «латвийские» полки дивизии были выведены в Калининградскую область. Причем 22 самолета 170-го полка (такой номер в 1992 г. получил 321-й МШАП) были подняты на перелет с аэродрома «Сууркюль» без санкции властей независимой Эстонии и, ведомые комдивом генерал-майором В.Н. Лазебным, пройдя над Балтикой, благополучно приземлились в Черняховске. На этом история 170-го МШАП завершилась. Его самолеты и часть личного состава были включены в штат 4-го ГвМШАП. В том же 1993 г., но в более спокойной обстановке, перелетел в Черняховск и 240-й МШАП (такое наименование в 1992 г. получил 668-й полк). Почти сразу после перебазирования все три полка, размещавшиеся на этом аэродроме: 15-й ОДРАП на Су-24М и Су-24МР, 846-й ГвОМШАП на Су-17М3 и вновь прибывший 240-й МШАП на Су-24 – были объединены в один полк – 846-й ГвОМШАП на Су-24, Су-24М и Су-24МР. В свое время, будучи сформированным на аэродроме «Остров» в 1975 г., унаследовав почетные наименования 1-го гвардейского минно-торпедного Клайпедского Краснознаменного авиационного полка, 846-й ГвОМШАП стал первым морским штурмовым полком на Балтике, позднее воспитавшим Героев России морских летчиков Тимура Апакидзе, Игоря Кожина, Виктора Дубового, Павла Кретова. Однако, в 1993 г. морская авиация стремительно сжималась, и с расформированием 170-го и 240-го полков история 132-й БАД завершилась, а 4-й гвардейский полк стал отдельным.
А еще через пять лет, в январе 1998 г., с 4-м ГвОМШАП была объединена 846-я ГвОМШАЭ, незадолго до этого пониженная в статусе с полка до эскадрильи, но сохранившая почетное наименование Клайпедской Краснознаменной имени маршала авиации И.И. Борзова и передавшая эти наименования 4-му ГвОМШАП – единственному строевому полку морской штурмовой авиации на Балтике, которому посчастливилось выжить в условиях «мясорубки» оргштатных мероприятий 90-х гг.
В итоге матчасть 4-го ГвОМШАП пополнилась очень существенно. По данным иностранной печати, в конце 90-х годов на стоянках полка находилось до 45 самолетов Су-24 разных модификаций. В самом начале 2000-х гг. все устаревавшие Су-24 (базовой модификации) были перегнаны летчиками полка в формировавшуюся на Черноморском флоте 43-ю ОМШАЭ (аэродром «Гвардейское»), ставшую вскоре полком.
2000-е годы были относительно стабильным. Оргштатных мероприятий уже не проводилось. Но без должного снабжения ресурсными агрегатами быстро старела и изнашивалась матчасть. Вскоре от ее былой избыточности не осталось и следа. В начале 2000-х, как и в других полках, инженерно-технический состав почти постоянно был занят своего рода работой с «конструктором», когда из агрегатов и узлов двух-трех-четырех самолетов приходилось собирать необходимые системы для обеспечения летной годности одной машины. Даже аэродромные железобетонные укрытия теряли свои функциональные свойства: изношенные механизмы открывания дверей переставали справляться с нагрузкой и для облегчения их работы из дверей приходилось высыпать песок.
Но самый тяжелый период для полка, похоже, уже в прошлом. В последние несколько лет заметно изменилась к лучшему ситуация с ремонтом самолетов и двигателей. Большинство российских авиаремонтных заводов, выполняющих ремонт Су-24М, – №514 (Ржев), №20 (Пушкин), №322 (Воздвиженка) – работали и работают для полка по заказам ВВС и ПВО ВМФ.
И сегодня авиаполк в Черняховске остается наиболее мощной боевой частью ВВС и ПВО Балтийского флота, с наибольшим уровнем исправности авиационной техники. Постепенное решение проблемы поставки топлива и иных ГСМ позволило значительно интенсифицировать боевую подготовку. Если в конце 90-х – начале 2000-х полк выполнял одну-две летные смены в месяц, то теперь летает две-три смены в неделю. Прогресс очевиден. Как известно, количественные изменения меняют и качество.