Бецкой, побочный сын генерал-фельдмаршала И. Ю. Трубецкого, до прихода в Академию работал в различных дипломатических и военных ведомствах. Возглавлял также Канцелярию от строений, был членом Комиссии о каменных строениях Санкт-Петербурга и Москвы Наблюдал за постройкой памятника Петру I (Медный всадник). По предложению Бецкого в столице было открыто Воспитательное общество благородных девиц (Смольный институт). Когда Бецкой стал президентом Академии, то распорядился о приеме детей с 6 лет. Педагогическая система, которую он претворял в жизнь, состояла в воспитании «новой породы людей» в условиях полной изоляции воспитанников от общества. При учении по этой системе на первое место ставилось благонравие, а не успехи в науках. В качестве заслуги Бецкого надо отметить, что он ввел регулярные публичные выставки, где экспонировались работы выпускников. Но в целом все 30 лет президентства Бецкого дела в Академии шли неважно, и только деятельность ректора (ответственного за учебный процесс) А. Ф. Кокоринова позволяла обеспечивать ежегодно выпуск учеников. По проекту Кокоринова было построено и новое здание Академии — на берегу Невы, напротив Медного всадника.
В возрасте 90 лет Бецкой ушел на пенсию (и через год умер), а новым президентом Академии художеств был назначен А. И. Мусин-Пушкин. Он был историком и собирателем древних рукописей, им были найдены и опубликованы «Повесть временных лет», «Слово о полку Игореве» и другие ценные исторические произведения. Вдруг, совершенно неожиданно, его назначают обер-прокурором Синода, т. е. государственным министром по делам Православной Церкви. Затем, столь же неожиданно, его перевели на другую стезю, назначив президентом Академии художеств. Какую пользу в этих обстоятельствах может принести человек, даже если будет очень стараться?
Когда императором стал Павел I, он произвел замену всех должностных лиц, служивших при Екатерине II. Так, новым президентом Академии художеств стал французский эмигрант граф Г. А. Шуазель-Гуфье. Через три года сам Павел I заменил его на русского — графа А. С. Строганова. Строганов, являвшийся одновременно и директором Публичной библиотеки, был известен как владелец большой коллекции картин, эстампов, камней и монет, причем последних у него было 60 000.
Когда Строганов умер, его обязанности в течение шести лет исполнял П. П. Чекалевский, бывший до того вице-президентом Академии.
В 1817 г. появился наконец-то полноправный президент Академии художеств — А. Н. Оленин. Научные интересы Оленина находились в области истории и археологии, он был также директором Публичной библиотеки (как Строганов). В то же время Оленин имел склонность и способность к живописи: он исполнил 92 виньетки к сочинениям Г. Р. Державина, изготовил ряд гравюр и др. В связи с этим Оленин — еще задолго до назначения президентом — был избран почетным членом Академии художеств. Оленин начал проводить в Академии некоторые реформы, но так как сам был сторонником консервативных взглядов, то и реформы его оказались весьма консервативными.
После смерти Оленина (в возрасте 80 лет) президентом Академии художеств был в 1843 г. вновь назначен иностранец — молодой герцог Максимилиан Лихтенбергский, сын пасынка Наполеона Бонапарта, Евгения Богарне (который командовал французскими войсками при их отступлении через реку Березину). Максимилиан открыто признался, что ничего в делах Академии не смыслит, и полностью передоверился вице-президенту Ф. П. Толстому. Тот к этому времени уже 20 лет преподавал в Академии медальерное искусство, занимался скульптурой и живописью. Последующие 9 лет были, по-видимому, в жизни Академии наиболее благоприятными.
В 1852 г. герцог Максимилиан умер (в возрасте 35 лет). Должность президента Академии художеств была передана его вдове великой княгине Марии Николаевне. Для Толстого создали специальную должность товарища (помощника) президента, а вице-президентом был назначен князь Г. Г. Гагарин. Он был военным, участником войны с горцами Кавказа, полковником, при переводе в Академию художеств получил чин генерал-майора.
В годы президентства великой княгини Марии Николаевны группа учащихся выпускного класса Академии, недовольных созданными порядками, вышла из Академии. Вместе с некоторыми другими художниками они создали «Товарищество передвижных выставок» и устраивали публичный показ своих картин в различных городах России. В Товарищество входили И. Н. Крамской, Н. Н. Те, И. И. Левитан, К. Е. Маковский, Г. Г. Мясоедов, В. Г. Перов. Вместе с «передвижниками» выставляли свои работы И. Е. Репин, К. А. Коровин, А. И. Куинджи, В. Д. Поленов, В. И. Суриков и др.