В 1965 году выходят книги «За Маркса» (сборник текстов, опубликованных с 1961 по 1965 гг.) и «Читать „Капитал"» (в соавторстве с Жаком Рансьером, Пьером Машре, Этьеном Балибаром и Роже Этабле), бывшие первыми в серии «Теория» издательства François Maspero (Париж). Эти работы переводятся во всем мире, подвергаются резкой критике, но также приветствуются как «возобновление марксизма» (Ален Бадью). В течение двадцати лет они оказывают значительное влияние на марксистскую дискуссию. Они дают новый толчок полемике в Коммунистической партии, уже разгоревшейся в связи со статьей 1961 года, в которой утверждается, что в трудах Маркса существует «эпистемологический разрыв», и что исторический материализм несовместим с «теоретическим гуманизмом» (в то время как критика «культа личности Сталина» идет полным ходом). Отзвуки этой полемики заметны на страницах журналов La Pensée и La Nouvelle Critique, a также многочисленных некоммунистических изданий. В то же время эти работы относят к числу основополагающих текстов «структурализма», влияние которого (в том числе благодаря Леви — Строссу, Лакану, Барту и Фуко) распространяется на французскую философию, встречаясь, однако, с мощным сопротивлением. Понятия «проблематики», «симптомного чтения», «структурной причинности», «сверхдетерминации», «идеологического воображаемого» и т. д., используемые со ссылкой на «альтюссерианство» или без таковой, в течение десяти лет вносят свой вклад в формирование горизонта философского дискурса. Имея в виду Альтюссера и его влияние, Сартр скажет, что следует «выступать за понятие (concept) и против слова (notion)».
Как утверждает Элизабет Рудинеско («Столетняя битва. История психоанализа во Франции», том И), именно в 1965 г. Альтюссер начинает курс психоаналитического лечения у д-ра Рене Диаткин, который будет его психоаналитиком примерно до 1987 года.
В 1966 г. в отсутствие Альтюссера ассамблея философов — коммунистов, собравшихся в Серизи-ле-Руа, заслушивает обвинительную речь Роже Гароди, официального философа партии, направленную против «теоретического антигуманизма». На заседании Центрального Комитета в Аржантее под председательством Арагона (11–13 марта) тезисы Гароди и Альтюссера подвергаются формальному рассмотрению и сравнению. Люсьен Сэв (который был учеником Альтюссера в начале его обучения в ВНШ и долгое время оставался его другом) становится философом, наиболее близким к руководству ФКП[117]. В том же году Альтюссер пишет анонимную статью «О культурной революции» для Cahiers marxistes-léninistes, органа маоистского Союза коммунистической марксистско — ленинской молодежи (возникшего в результате раскола в Союзе студентов — коммунистов), многие руководители которого были его учениками и его друзьями. Эта статья завершалась следующим утверждением: «Дело заключается не в том, чтобы экспортировать культурную революцию. Она принадлежит китайской революции. Но ее теоретические и политические уроки принадлежат всем коммунистам». Так открывается период, который некоторые будут рассматривать (и разоблачать) как период двойной игры. Вполне вероятно, что Альтюссер никогда не расставался с надеждой внести свой вклад — на теоретической основе — в воссоединение разобщенных членов международного коммунистического движения.
В том же 1966 году он публикует, в частности, «Об „Общественном договоре"» (Расхождения)», материалы курса о Руссо, прочитанного в ВНШ (Cahiers pour l'analyse, № 8, «Немыслимое Жан-Жака Руссо») и «Кремонини, художник абстрактного» (Démocratie nouvelle, № 8, август 1966 г.).
В 1967 г. Альтюссер пишет для советского журнала «Вопросы философии» большое эссе «Историческая задача марксистской философии», которое будет отвергнуто, но напечатано в переводе на венгерский язык в 1968 г. На XVIII съезде ФКП Анри Фисбен (будущий секретарь парижской федерации) заявляет: «Нам кажется, что некоторые товарищи, развивающие свою аргументацию в пользу теоретического антигуманизма и других проблем, должны задать себе вопрос и сказать, что они думают о негативных политических последствиях их позиции. Противники в своей борьбе против Партии ссылаются на работы этих товарищей, но они хранят молчание». В одном письме к Режи Дебре, написанном по поводу его книги «Революция в революции», Альтюссер говорит: «Ты сам знаешь, что порой по политическим причинам становится необходимым сделать шаг назад и заняться исследованиями, от которых зависит все».
В 1967–1968 гг. Альтюссер (совместно с Пьером Машре, Этьеном Балибаром, Франсуа Рено, Мишелем Пешо, Мишелем Фишаном и Аленом Бадью) организует в ВНШ «Курс философии для ученых», прерванный событиями мая.