С началом оккупации в среде высшего духовенства на Украине возникли сепаратистские устремления. Летом 1941 г. глава структур Московского патриархата на территории рейхскомиссариата «Украина» архиепископ Волынский Алексий (Громадский) объявил о создании автономной Украинской православной церкви (УПЦ), которая тем не менее формально осталась в юрисдикции Московского патриархата. Однако часть иерархов и священнослужителей во главе с архиепископом Луцким Поликарпом (Си- корским), которая открыто приветствовала приход гитлеровцев, осталась недовольна таким решением. 8—10 февраля 1942 г. эти иерархи созвали в Пинске собор украинских епископов, на котором было объявлено о создании Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ), независимой от Московского патриархата. Архиепископ Поликарп был официально признан гитлеровцами главой Православной церкви на Украине. Раскол Церкви на Украине был связан не только с амбициями отдельных церковных иерархов, но и с тем, что политические взгляды украинского духовенства были весьма неоднородны. Одни симпатизировали советскому строю, другие разделяли взгляды националистов, третьи надеялись на то, что идеальное государственное устройство удастся смоделировать по германскому образцу484.
Гитлеровцы сначала склонялись к сотрудничеству с УАПЦ как с силой, выражавшей нужный им церковный сепаратизм, однако затем пересмотрели свою позицию из‑за налаживания связей между УАПЦ и украинскими националистами. Курс политики гитлеровцев был смещен в сторону покровительства УПЦ. В частности, этой Церкви был передан главный храм Киева — собор Св. Владимира. Однако гитлеровцев не устроила «промосковская» ориентация УПЦ, поэтому в результате, как сообщала советская разведка, они «оставили в покое тех и других»485.
УПЦ, несмотря на некоторую «украинизацию» этой Церкви (перевод богослужений на украинский язык и пр.), не оказывала поздержки украинским националистам. Наоборот, на Восточной Украине священники и прихожане УПЦ помогали военнопленным красноармейцам — собирали для них продукты и зимнюю одежду. Вообще, положение обеих Церквей на Украине зависело от того, как был настроен бургомистр того или иного населенного пункта. Например, УАПЦ получила преференции в Киеве, где бургомистром был националист Л. Форостивский, а УПЦ — в Днепропетровске, где бургомистр был настроен «прорусски» 486.
Избранный в марте 1942 г. экзархом Белоруссии митрополит Пантелеймон отказался от предложения гитлеровцев объявить автокефалию. Тогда движение за автокефализацию возглавил архиепископ Могилевский и Мстиславльский Филофей, который был поддержан в этом оккупационными властями. Митрополит Пантелеймон был отстранен от церковного управления и выслан в Минскую область. Захватив церковную власть в свои руки, в сентябре 1942 г. архиепископ Филофей созвал «Всебелорусский православный собор», на котором было провозглашено создание Белорусской автокефальной православной церкви (БАПЦ), но с оговоркой — только «после признания ее всеми каноническими церквами». Правомочным Собор не являлся, так как в нем приняли участие только отдельные представители Минской и Новогрудско- Барановичской епархий. Таким образом, провести автокефализацию Церкви в Белоруссии фактически не удалось. Несмотря на раскол Церкви на Украине и попытку его в Белоруссии, по оценкам священнослужителей, масса верующих «как была, так и осталась такими же православными», и практически не замечала разногласий среди церковных иерархов487.
Отдельно следует остановиться на деятельности экзарха Прибалтики митрополита Сергия (Воскресенского), который к моменту начала войны находился в Риге. При приближении гитлеровских войск он получил от советских властей указание эвакуироваться, однако от эвакуации уклонился и остался на оккупированной территории. В августе и сентябре 1941 г. он послал приветственные телеграммы Гитлеру. Несмотря на выраженный антисоветский настрой, митрополит Сергий (Воскресенский) не допустил отрыва Православной церкви в Прибалтике от РПЦ. Не удалось предотвратить раскол только в Эстонии, где часть православных священников и паствы (в основном эстонцев по национальности) во главе с таллинским митрополитом Александром провозгласила отделение от Русской православной церкви (однако большая часть русских приходов в Эстонии осталась верна РПЦ)488.