«Конкордат» между Советским государством и Русской православной церковью ознаменовал начало конца «Обновленческой церкви». До этого советское руководство не отвергало сотрудничества с обновленцами в сфере мобилизации патриотических сил внутри страны и на оккупированной территории. В частности, НКВД СССР способствовал распространению патриотических обращений главы «Обновленческой церкви» А. Введенского к верующим Кавказа в августе 1942 г. и по случаю Пасхи в апреле 1943 г. (тиражом, равным тиражу обращения Патриаршего Местоблюстителя РПЦ). Однако после заключения «конкордата» ситуация изменилась. 12 октября 1943 г. Карпов доложил Сталину о том, что «Совет по делам РПЦ считает целесообразным не препятствовать распаду обновленческой церкви и переходу обновленческого руководства в патриаршую сергиевскую церковь». Советское руководство понимало, что «Обновленческая церковь» имела незначительное число сторонников, и материальный вклад «обновленцев» в победу был незначительным по сравнению с вкладом Русской православной церкви. Новая политика Советского правительства внесла растерянность и панику в руководящие обновленческие круги183 и подготовила почву для ликвидации «Обновленческой церкви» на последующем этапе.
Изменений в положении Русской православной старообрядческой церкви (РПСЦ) не произошло, хотя очевидно, что Советское государство с одобрением воспринимало патриотическую деятельность РПСЦ: при помощи органов НКВД СССР на оккупированной территории распространялись обращения главы старообрядцев архиепископа Московского и всея Руси Иринарха, в которых он призывал помогать партизанам и Красной Армии. Впоследствии возможности старообрядческой церкви стали использоваться во внешнеполитическом плане. В частности, в июле 1944 г. НКГБ СССР распространил 2 патриотических обращения РПСЦ «к старообрядцам освобожденных районов Бессарабии, Молдавии и Румынии»184.