На завершающем этапе войны «Обновленческая церковь» подошла к своему окончательному краху. В 1944–1945 гг. в РПЦ вернулись многие священники и церковные здания «обновленцев». К августу 1944 г. в СССР осталось только 147 «обновленческих» храмов (большинство из них — в Краснодарском и Ставропольском краях). В Москве из 6 принадлежавших ранее «обновленцам» храмов остался единственный, в котором служил их глава А. Введенский. После его смерти в 1946 г. «Обновленческая церковь» окончательно сошла на нет.
После 1943 г. были ослаблены и со временем исчезли такие православные секты, как «Истинноправославные христиане», григориане, иосифляне. Эти секты были, пожалуй, единственным религиозным течением в СССР, которое не встало на патриотическую платформу и осознанно поддерживало курс на конфронтацию с советской властью. В конце войны активные члены православных сект подверглись репрессиям206.
19 мая 1944 г. при СНК СССР был создан Совет по делам религиозных культов, задачей которого являлось «осуществление связи между Правительством СССР и руководителями религиозных объединений: армяно — григорианской, старообрядческой, католической, греческо — католической, лютеранской церквей и мусульманского, иудейского, буддийского, сектантского вероисповеданий». Одним из важнейших шагов Совета по делам религиозных культов стало принятие 19 ноября 1944 г. постановления «О порядке открытия молитвенных зданий религиозных культов», согласно которому молитвенное здание могло было быть открыто по ходатайству в местные органы власти группы в составе не менее чем 20 верующих. Местные органы должны были направлять такие ходатайства в Совет по делам религиозных культов.