Создание Совета по делам религиозных культов должно было служить урегулированию в конструктивном духе взаимоотношений между государством и конфессиями. Однако это касалось не всех конфессий. Положение украинской Греко — католической церкви (УГКЦ) после освобождения Красной Армией территории Западной Украины, где проживало подавляющее большинство ее приверженцев, стало непрочным. Наличие на территории СССР Униатской Церкви с ее 3,5 млн прихожан, без сомнения, оставалось проблемой для советского руководства. Униатство, во — первых, связывалось с проблемой украинского национализма, во — вторых, рассматривалось как инструмент влияния Ватикана. Однако советское руководство воздерживалось от решения «униатской проблемы», т. к. глава УГКЦ митрополит Андрий Шептицкий пользовался большим уважением среди населения Западной Украины. Власть хорошо понимала это обстоятельство, о чем говорит присутствие на похоронах митрополита Шептицкого первого секретаря ЦК КП(б)У Н. С. Хрущева207.
После смерти митрополита Шептицкого (1 ноября 1944 г.) власть продолжала действовать осмотрительно по отношению к УГКЦ. Немедленного отказа от диалога с ней не последовало. В декабре 1944 г. в Совете по делам религиозных культов был принят представитель УГКЦ архимандрит Климентий Шептицкий (брат митрополита Шептицкого). Однако скоро стало очевидно, что «униатская проблема» не может игнорироваться в связи с ростом националистических проявлений на Западной Украине и взятого советским руководством курса на борьбу с Ватиканом (были опасения, что УГКЦ может полностью перейти в католичество). Поэтому советское руководство приняло решение о ликвидации Униатской Церкви. В марте 1945 г. были арестованы ее новый глава митрополит Иосиф Слипый, 5 епископов и несколько священников. В апреле 1945 г. внутри УГКЦ была создана инициативная группа священнослужителей, заявивших о разрыве с Ватиканом208. В 1946 г. эта группа осуществила ликвидацию Униатской Церкви и переход греко — католических приходов в РПЦ.
Непосредственное участие в ликвидации УГКЦ и возвращении ее прихожан в лоно православия принимала Русская православная церковь.