При поддержке наемных польских отрядов Лжедмитрий I направился к Москве, однако в январе 1605 года потерпел поражение в сражении при Добрыничах от воевод Бориса Годунова. В критический момент, когда авантюра Лжедмитрия могла провалиться, он получил поддержку от донских казаков. Атаман Андрей Корела занял крепость Кромы и отвлек царские войска на себя. Это позволило Лжедмитрию снова собрать свои силы, а после загадочной смерти Бориса Годунова занять столицу и объявить себя новым царем Корела, внесший существенный вклад в победу самозванца, был по-царски награжден. Однако он не занял видного положения при дворе, предпочитая привычную для себя компанию в кабаках.
Смерть Лжедмитрия I вызвала новый этап Смуты, поскольку на границе объявился новый самозванец, предъявивший претензии на престол. Кроме того, юг страны был охвачен восстанием под руководством Ивана Болотникова. Его поддерживали многочисленные казацкие отряды, стекавшиеся сюда с Дона, Волги, Яика и Терека
В 1607 году правительственные войска Василия Шуйского окружили восставших в Туле, заставив их сдаться. «Царевич Петр», от имени которого выступали восставшие, был повешен в Москве в январе 1608 года, а Болотников в марте того же года утоплен в Каргополе. Однако казацкие отряды устремились в лагерь Лжедмитрия, расположившегося в селе Тушино под Москвой. Пока шла борьба за престол, казаки прославились не только своими сражениями с царскими войсками, но и грабежами, которые они устроили среди местного населения.
В 1609 году с началом польской интервенции тушинский лагерь стал распадаться. Успехи армии воеводы M.B. Скопина-Шуйского заставили Лжедмитрия II покинуть Тушино и бежать в Калугу. Часть казаков во главе с Заруцким перешла на сторону поляков, часть осталась верна самозванцу. Некоторые, разуверившись в своих целях, вернулись на Дон к мирной жизни.
В сентябре 1610 года поляки вступили в Москву, после чего Заруцкий со своими казаками ушел в Калугу к Лжедмитрию II и находился с ним вплоть до его убийства в декабре 1610 года. В 1611 году казачество вновь раскололось. Одни участвовали в походе Первого ополчения на Москву, другие поддерживали претендента на престол царевича Ивана, сына Марии Мнишек от Лжедмитрия II. Еще более усилился раскол после того, как осенью 1611 года было создано Второе ополчение во главе с К. Мининым и Д.М. Пожарским.
12 июля 1612 года Заруцкий и Мария Мнишек с сыном бежала из Москвы в Рязань. Оставшиеся в Москве польские войска, не получая поддержки, были обречены. 22 октября 1612 года сдался польский гарнизон в Китай-городе, а 26 октября сдались поляки, засевшие в Кремле. Избрание на престол на Земском соборе в 1613 году Михаила Федоровича Романова и успокоение страны привело к массовому оттоку казаков из центральных русских земель. Лишь самые непримиримые остались, занимаясь разбоями и грабежами. Многие из них впоследствии присоединились к атаману Заруцкому, который в апреле 1613 года укрепился в Астрахани, созывая окрестных казаков под свои знамена.
Однако донское казачество проигнорировало призывы атамана, и он был вынужден в мае 1614 года бежать на Яик, где его вместе с Марией Мнишек и царевичем Иваном захватили в плен царские стрельцы. Судьба Заруцкого была печальна, его посадили на кол, трехлетний сын Лжедмитрия II был повешен, а Мария Мнишек умерла в тюрьме.
Так завершилось Смутное время в Русском государстве. Казаки проявили себя двояко, выступая на стороне самых разных сил. Однако, в конечном итоге, окончательно определились и возвратились к своему привычному образу жизни. Длительный период гражданских войн в Московском государстве привели не только к общему ослаблению страны, но и временному прекращению морских походов донских и волжских казаков. Все они были слишком увлечены внутренними проблемами. Единственной реальной силой, противостоящей турецко-татарской экспансии на юге, оказались запорожские казаки, которые в меньшей степени были вовлечены в борьбу за власть в России.
ЦЕЛЬ — КОНСТАНТИНОПОЛЬ
С начала XVII века запорожские казаки снова начинают совершать дальние походы в море. В мае 1602 года на 30 чайках и нескольких отбитых у турок галерах запорожцы вышли в Черное море и под Килией вступили в бой с турецкой эскадрой. В этом сражении они захватили одну из галер и несколько купеческих кораблей. В Днестровском лимане они напали на галеру турецкого военачальника Гасан-аги, подошли к Белгороду и захватили другой вражеский корабль, шедший из Кафы, а затем с добычей двинулись к Днепру.