Уход большей части сил Восточной армии в Сирию существенно ограничил возможности оставшихся в Египте войск контролировать ситуацию. Это вызвало активизацию антифранцузского сопротивления. В Верхнем Египте дивизия Дезе вела тяжелые бои с объединенными силами мамлюков Мурад-бея, местных крестьян и прибывших из Хеджаза добровольцев. 3 марта 1799 г. французская флотилия на Ниле, отстав от сухопутных войск, подверглась неожиданной атаке с берега и понесла тяжелые потери в личном составе. Флагманский корабль «Италия» был сожжен неприятелем.
Во второй половине марта 1799 г. в Восточной Дельте поднял бунт эмир-хаджи, бывший османский военачальник, которому Бонапарт поручил охранять направлявшихся в Мекку паломников.
Генерал Дюга, правда, быстро среагировал и успел подавить мятеж еще до того, как его поддержало местное население.
В апреле 1799 г. в Западной Дельте началось восстание под руководством некого марокканца, объявившего себя Махди, пророком Судного дня. В ночь с 24 на 25 апреля он с отрядом крестьян атаковал и полностью уничтожил французский гарнизон в городе Даманхур. В ответ посланная из Александрии мобильная колонна генерала Ланюса совершила 9 мая акцию возмездия, разрушив Даманхур и перебив его население. Решающее поражение повстанцам Ланюс нанес 4 июня, накануне возвращения Бонапарта из Сирии{30}
.Всё это мало походило на «благорасположение» египтян к французам, о котором писал Бонапарт.
Реплика Бонапарта, очевидно, имела целью показать, что Мурад-бей в тот момент уже не представлял опасности для Восточной армии. В определенной степени он был прав: после ряда чувствительных поражений от французов Мурад-бей действительно отказался от наступательных действий и вот уже полгода спасался от мобильных колон генерала Дезе. Однако сила предводителя мамлюков была не в наличии у него складов, барок или пушек, а в его авторитете среди местного населения, позволявшем ему, как только предоставлялась возможность, быстро наращивать свои силы за счет бедуинов и крестьян-феллахов. Стоило Мурад-бею хотя бы ненадолго ускользнуть от преследования, как к нему начинали тянуться все желающие сразиться с оккупантами. Именно поэтому гнавшиеся за ним генералы старались не давать ему ни малейшей передышки. Как раз в те сентябрьские дни Дезе сообщал генералу Огюстену Даниэлю Бельяру: «Мурад соединился с арабами Джеммы, благодаря чему у него теперь 300 чел. Он находится недалеко от Миньи. Буайе{32}
его атакует, а я через несколько дней начну его энергично преследовать»{33}. 28 сентября Клебер писал генерал-адъютанту Буайе: «Я получил несколько ваших писем и очень доволен их содержанием: постарайтесь поймать этого Мурад-бея, чтобы мы могли мирно пользоваться Верхним Египтом»{34}. Пока продолжалась эта бесконечная погоня, Мурад-бей действительно стратегической угрозы для Восточной армии не представлял, но только при таком условии.