Известные сложности ожидали президентскую команду во взаимоотношениях с Г. Явлинским. Сообщалось о его личной встрече с Чубайсом, когда Чубайс открытым текстом предложил лидеру «Яблока» пойти путём А. Лебедя и занять пост первого вице-премьера в обмен на поддержку Ельцина. И якобы даже продемонстрировал подписанный указ о назначении. Однако Явлинский отказался: «до выборов никаких назначений не приму». «А после выборов никто уже ничего и не предложит», — ответил Чубайс. На том они и расстались. Таким ли был их разговор, или нет, сказать трудно. Однако факт, что через прессу подбрасывалась мысль о том, что Явлинский мог бы стать координатором по экономическим вопросам между странами СНГ в ранге министра. Явлинский остался глух и к этому предложению.
Позже Чубайс запустил (а контролируемые президентской командой СМИ растиражировали) утверждение, что каждый голос, поданный за Явлинского, якобы «работает на Зюганова».
С Жириновским власть вообще никогда не имела сложностей, а остальных пятерых кандидатов не принимала в расчёт в силу их малого политического веса.
Результаты первого тура выборов были такие: Ельцин — 35,28 % голосов, Зюганов — 32,03 %, Лебедь — 14,52 %, Явлинский — 7,34 %, Жириновский — 5,70 %. Остальные, как и предполагалось, не набрали даже по одному проценту каждый. Особенно унизителен был результат у Горбачёва, который получил меньше голосов, чем число подписей, собранных им для регистрации своей кандидатуры.
На следующий день после подсчёта голосов А. Лебедь был назначен секретарём Совета безопасности и помощником президента, и призвал своих сторонников отдать голоса во втором туре за Ельцина. Тайный сговор стал явным. Одновременно отправили в отставку министра обороны П. Грачёва, — этого потребовал А. Лебедь в качестве условия сделки; министром был назначен И. Родионов.
Многим памятна замечательная история, произошедшая в июне 1996 года со знаменитой коробкой из-под ксерокса, набитой долларами, и вынесенной из Белого дома (ставшего к этому времени резиденцией правительства). Впоследствии «МК» напечатал расшифровку разговора Чубайса, Виктора Илюшина и некоего Сергея, где история с коробкой комментировалась столь недвусмысленно, что в случае подлинности записи следовало бы как минимум возбудить дело против участников беседы. Чубайс, естественно, объявил всё это «враньем» и скандал замяли. Но эта история способствовала малому «дворцовому перевороту», правда, пострадал не Чубайс, а руководитель охраны президента Коржаков. Новоиспечённый секретарь Совета безопасности генерал А. Лебедь встал на сторону Чубайса, заявив, что «любой мятеж будет подавлен, и подавлен очень жёстоко».
В результате влияние А. Чубайса стало очень большим, его советы и рекомендации исполнялись незамедлительно. Меньше чем через две недели после победы Ельцина на выборах А. Чубайс был назначен руководителем администрации президента. А мы в этой истории ясно видим, что основной задачей этих людей была самая первая и простейшая: собственное выживание во власти. На закон и на интересы людей никто из них не обращал внимания.
Второй тур выборов (3 июля) дал, наконец, ожидаемые результаты: Ельцин получил 53,83 % голосов (около 40 млн.), а Зюганов — 40,30 % (примерно 30 млн. голосов). Колоссальная кампания по промывке мозгов, стоившая огромных денег, мобилизации всех информационно-пропагандистских возможностей и активного использования административного ресурса, сделали свое дело.
Но возникли проблемы с церемонией вступления в должность, назначенной на 9 августа 1996 года. Окружение президента всячески старалось сократить время, отведённое на процедуру: Ельцин еле держался на ногах. Стране навязали не просто человека, бездарного во всём, кроме интриг, но и смертельно больного. Это значило, что страной будет управлять «дворянское окружение», не имеющее никаких государственных интересов.
После вступления Ельцина в должность генерал А. Лебедь был отправлен в Чечню с широкими полномочиями. На встрече с А. Масхадовым в районе села Старые Атаги он практически объявил о капитуляции России. По устной договорённости в течение недели урегулировались вопросы, связанные с прекращением огня и началом вывода федеральных войск. 30 августа в Хасавюрте были подписаны окончательные документы. В «Принципах основ взаимоотношений между Российской Федерацией и Чеченской республикой» говорилось, что соглашение об основах взаимоотношений «в соответствии с общепризнанными нормами международного права должно быть достигнуто до 31 декабря 2001 года». Капитуляция России была подписана в присутствии главы группы содействия ОБСЕ в Чечне Т. Гульдимана.
Говорят, Б. Березовский пенял А. Лебедю, что своими мирными переговорами он разрушил очень доходный бизнес.
В ноябре 1996-го Б. Ельцина отправили в Кардиологический центр, для проведения операции на сердце. Незадолго до его госпитализации (на всякий случай?) был лишён всех постов А. Лебедь.