Первая экспедиция провалилась. В январе 325 года до н. э. Александр возобновил поход на юг Индии. Число судов было увеличено, они спустились к Инду, достигли области маллов, живших на берегу реки Гидраота (Рави), и продолжали двигаться по рекам Аксессин и Инду до города Патталы (Хайдарабад). В Паттале была устроена гавань и сооружена верфь. Затем Александр решил идти к морю. Лучшие суда поплыли вниз по западному рукаву дельты Инда. По левому его берегу шел сухопутный отряд в 10 000 фалангитов, сопровождавший корабли на всем пути. Плавание было тяжелым, проводников не нашлось — покоренные местные жители, инды, хорошо знавшие лоцманское дело, разбежались. Македонцы имели смутное представление о пути, которым они следовали, вовсе не зная, что впереди. Неизвестно было, далеко ли океан, какие жители населяют следующие области, каковы особенности реки и ее судоходность для военных кораблей. Помехой стал юго-западный муссон. На второй день он принес бурю. Вместе с приливом он повернул течение реки. Ветер раскачивал суда, большая часть их была повреждена. Некоторые тридцативесельные корабли разбились. Флот был вынужден остановиться на ремонт. Тут македонцам удалось поймать индов и потребовать от них лоцманских услуг. Потом армия Александра получила другой ориентир, и то в иносказательной форме. Несколько воинов сошли с кораблей и отправились расспрашивать местных жителей-кочевников, далеко ли море; кочевники отвечали, что они вообще никакого моря не знают и не слышали, впрочем, на третий день пути можно дойти до горькой воды. На третий день армия Александра Македонского действительно дошла до Эритрейского (Аравийского) моря. Проводники направили суда в канал. Там собрался весь флот. И в это время начался океанский прилив. За ним последовал отлив. Морское явление оказалось для экипажей грозным испытанием… Они увидели в нем гнев богов. Море продолжало подниматься на невиданную высоту. В панике воины побросали весла. Корабли стремительно сталкивались друг с другом, трещали лопасти весел. Все это походило на грандиозное морское сражение. Когда вода с шумом отступила, все корабли оказались на мели, одни опрокинутые на нос, другие на борта. Берега усеялись разбросанным снаряжением, оружием, обломками судов. По обнажившемуся дну ползали морские чудища, выброшенные прибоем. И вот вода снова поднялась и обрушилась грозной волной, суда всплыли — кроме тех, что были наиболее прочно закреплены на берегу. Снова под напором воды началась игра в морское сражение, в которой гибли остатки флота. Но Александр не терял присутствия духа. Он приказал выслать два судна на разведку. В результате уцелевшие корабли были выведены к устью Инда. В дельте великой реки попалось несколько стоянок — Стура, Кавмара, Корееста. Ни одна из них археологами не обнаружена, так как русло реки с тех пор неоднократно менялось. На одном из островов дельты воины наконец-то высадились на сушу. Остров был достаточно велик и имел естественную пристань. Отсюда неповрежденные суда вышли в открытое море и на востоке достигли другого острова — Крокала, против земель индийского племени арабитов. Флот вошел в удобную и узкую гавань, которую Неарх назвал Александровской. Здесь были принесены обильные жертвы Посейдону на плотах, сыгравших роль алтарей и жертвенных костров одновременно.
Тогда же Неарх сообщил, что у него есть приказ отправиться в далекий морской поход. Они должны, плывя по Инду и вдоль Аравийского моря, попасть в Персидский залив, найти морскую дорогу в Евфрат, то есть установить связь по морю между Индией и Вавилоном, чтобы войскам не приходилось каждый раз преодолевать пустыню. Естественно, следовало произвести разведку побережий на всем пути плавания. Но немедленному выступлению флота помешали сильные ветры, дувшие со стороны моря. Да и окрестные жители проявляли повышенный интерес к македонскому имуществу. Они промышляли не только воровством, но блокировали дельту реки и бряцали оружием. Неарх приказал высадиться на берег, разбить лагерь и обнести его каменной стеной. Три недели флот ждал попутного ветра. От нечего делать солдаты бродили по берегу и собирали диковинные раковины, не находя им никакого применения, хотя в той местности это были деньги.
Наконец, начался мучительный поход вдоль берега, между островами, по мелям, подводным камням, при сильном прибое, высоких приливах и отливах. Пресная вода скоро кончилась, поэтому, приблизившись к устью реки Арабий, Неарх углубился вверх по реке на 40 стадиев (около 7 километров). Здесь солдаты нашли цистерны с водой, заботливо подготовленные по поручению Александра. Это был последний «контакт» войска и флота. Александр в это время с сухопутной армией в течение двух месяцев преодолевал безводную пустыню Гедросии (Белуджистан). Далее он двинулся в Карманию (Иран), где соединился с отрядом Кратера, своего молочного брата. Царь ничем не мог помочь флоту, потому что не имел о нем никаких известий.