На сегодняшний день в ходе археологических раскопок обнаружены несколько десятков поселений древнейшей цивилизации Индостана, при этом 2 поселения можно отнести к крупным городам: Мохенджо-Даро и Хараппа. Оба древних города находятся в долине Инда, размеры их примерно равны, отличительных особенностей столицы ни один из городов на себе не несет. Это приводит ряд исследователей к мысли, что ни Мохенджо-Даро, ни Хараппа скорее всего не были столицей древнего царства.
Следы древней цивилизации находят не только на материке, они обнаруживаются также на самом острове Шри-Ланка, а также у его побережья под водой. Это свидетельствует о том, что в разные времена часть суши вместе с артефактами опускалась в силу тех или иных причин под воду.
Возможно, в будущем ученым удастся найти в тропических водах Индийского океана столицу древней цивилизации. Изучение дельты Инда позволило ученым установить, что в далекой древности река впадала в океан гораздо дальше современного побережья. Постепенно часть суши в дельте реки опускалась и уходила под воду, об этом свидетельствует широкая подводная терраса у места впадения реки в океан. При этом в шельфе заметен глубокий каньон, который, как полагает ряд ученых, и был древним руслом Инда. Наиболее вероятная причина подобного опускания значительной части суши — разрушительные землетрясения, свойственные данному району. Одно из последних сильнейших землетрясений случилось уже в новые времена: в 1819 г. тектонические процессы в долине Инда привели к опусканию значительного участка суши под воду.
Сильные, катастрофические по своим разрушительным по своим последствиям землетрясения в долине Инда случались и в глубокой древности. Об этом свидетельствуют античные источники. Так, древнегреческий историк и географ Страбон передает в своей книге слова очевидца, прибывшего с берегов Инда, о том, что река внезапно изменила свое направление и сменила старое русло на новое. В результате произошедших катаклизмов все жители некогда прибрежных городов были вынуждены оставить свои поселения.
Гидрологические исследования XX в. позволили подтвердить слова древнего географа. Действительно, в глубокой древности в долине Инда произошло крупнейшее землетрясение, полностью изменившее ландшафт местности и заставившее Инд изменить свое русло. Эпицентр этого землетрясения находится всего в полутора сотнях километров от крупнейшего из найденных городов древней цивилизации Мохенджо-Даро. Разрушение и сход горных пород заблокировало старое русло Инда, вода хлынула назад, затапливая плодородные долины и превращая их в топкие от ила болота. Жители были вынуждены спасаться от воды и покидали город, чтобы затем возвращаться назад и отстраивать поселение заново. Раскопки близ Мохенджо-Даро показали, что город отстраивался не менее 5 раз в течение одной сотни лет. Древние индийцы пытались справиться с рекой, возводили каменные дамбы, но стихия оказывалась сильней. По мнению ряда ученых, именно землетрясение и стало причиной гибели древнейшей цивилизации Индостана, борьба со стихией отняла слишком много сил, и постепенно культура, строительство, наука пришли в городах в упадок.
Это не единственная версия гибели древней цивилизации. Следующая группа ученых полагает, что причиной гибели земледельческой по своей сути цивилизации могло стать истощение почвы, которое в конечном итоге и вынудило древних жителей Индостана бросить свои города.