После жестокого кровопролитного сражения московское войско не выдержало и начало отступать к Путивлю, причем казаки в течение всего следующего дня «висели» на его обескровленной туше, продолжая наносить урон неприятелю. Потери царского войска были колоссальными. Знаменитый российский историк Сергей Соловьев писал: «Цвет московской конницы, которая совершила счастливые походы 1654 и 1655 годов, погиб в один день. Никогда после того царь московский не был в состоянии вывести в поле такое сильное ополчение. В траурной одежде вышел царь Алексей Михайлович к народу, и ужас охватил Москву». Поговаривали, что московский монарх опасался совместного наступления татар и казаков на свою столицу и готовился покинуть ее, направляясь за Волгу, в Ярославль. Послам же было дано поручение в срочном порядке готовить предложения с максимально возможными уступками гетману Ивану Выговскому с целью скорейшего возобновления договора 1654 г.
Потери московского войска действительно могли повергнуть царя в ужас – они доходили до 40 тысяч воинов. Сколь ни пытались военачальники скрыть катастрофу, справедливо опасаясь царского гнева, в столице явно знали, что для адекватной оценки реальной ситуации следует увеличить предоставляемые ими в отчетах сведения вдесятеро: «Всего на конотопском на большом бою и на отводе: полку боярина и воеводы князя Алексея Никитича Трубецкого с товарыщи московского чину, городовых дворян и детей боярских, и новокрещенов мурз и татар, и казаков, и рейтарского строю начальных людей и рейтар, драгунов, солдатов и стрельцов побито и в полон поймано 4761 человек». Дополнительный существенный урон нанесла также татарская орда, которая сожгла в окрестностях Севска и Белгорода около 10 тысяч дворов и захватила около 27 тысяч невольников.
В таких условиях действительно открывались возможности совместного похода на Москву, и, видимо, у Мехмеда IV Герая появлялся соблазн реализовать тщетные планы своего предшественника Исляма ІІІ Герая по отвоеванию золотоордынского наследия у Москвы. И лишь крайне неблагоприятное внутриполитическое положение в Украине не позволило реализовать столь амбициозные замыслы совместного похода крымско-казацкого войска на российскую столицу.
Следует вспомнить к тому же объективно сыгравший на руку Москве набег на улусы Ногайской Орды запорожцев кошевого атамана Ивана Сирко. В последующее двадцатилетие крымское направление стало важнейшим в походах сичевиков под началом этого «русского черта» («урус-шайтана»), как называли его татары-современники. Этим бесстрашный атаман будет объективно играть на руку Московскому царству, подрывая доверие татар, для которых все неверные «гяуры» были на одно лицо, не только к запорожцам, но и к верным гетману казакам. Последовательно реализуемая ненависть Ивана Сирко и запорожцев к татарам, его опустошительные набеги на Крым, после которых на полуострове оставались, по словам современников, «только псы и коты», в итоге не единожды стоили гетманам разрыва либо невозможности заключения союза с крымскими ханами. Печальная «заслуга» запорожцев в дестабилизации и без того непростой внутренней и внешнеполитической ситуации, в которой находилась Гетманщина в 1660—1680-е гг., несомненна.
В целом, чтобы увидеть происходившее глазами крымских татар, стоит привести пространный, однако весьма содержательный и интересный отрывок из повествования турецкого историка Наимы, в котором рассказывается о Конотопской битве: «Легкий передовой отряд, состоящий из 15 000 неустрашимых татар, под предводительством храброго полководца Ферраш-Бека, выступил с поспешностию вперед. На другое утро, они подобно потоку устремились на неприятеля. Началось жаркое дело, продолжавшееся около трех часов. Наконец неприятели совершенно были разбиты, так что из 10 000 спаслась только одна тысяча; прочие погибли от меча их преследовавших татар. Из пяти тысяч казаков, преданных неприятелю и находившихся при осаде крепости, ни один не спасся. Татары овладели имуществом (разбитого) войска и, отправив к хану несколько взятых в плен чиновников с торжественным известием о победе, сами остались на том месте.
Эти пленные говорили хану: “Царь российский уже более трех лет приготовляется к войне, он намеревается сперва уничтожить могущество татар, а потом опустошить страны мусульманские. Теперь непокорность и измена казаков принудила его отправить одного знаменитого боярина с многочисленными войсками для взятия пограничных крепостей; в том числе и мы были отряжены для осады сей крепости, и вот чем окончилось обстоятельство”. Хан, удостоверившись в том, приказал предать пленников смерти.